Disamping itu, juga ada fasilitas ibadah berupa masjid. Biasanya, kompleks pesantren dikelilingi dengan tembok untuk dapat mengawasi arus keluar masuknya santri. Dari aspek kepemimpinan pesantren, kiai memegang kekuasaan yang hampir-hampir mutlak. Pondok, masjid, santri, kiai, dan pengajaran kitab-kitab klasik atau kitab kuning merupakan lima elemen dasar yang dapat menjelaskan secara sederhana apa sesungguhnya hakikat pesantren.
Nilai kearifan lokal pesantren adalah karismatik, santun, etika, disiplin, keteladanan, tata krama, sabar dan syukur merupakan dua hal penting yang harus ada pada pribadi kaum muslimin dan kaum muslimat semuanya karena hidup menjadi bahagia harmoni dan sentosa hanya cukup di raih dengan dua hal tadi yakni bila mendapatkan nikmat bersyukur dan bila mendapatkan musibah bersabar. Kebersihan, kerjasama, keimanan, tanggung jawab, kesehatan, empirik, manfaat, kebersihan, keindahan, kewibawaan, kerapihan, kearifan, ketaqwaan. Itulah nilai- nilai kearifan lokal yang sepatutnya harus dilestarikan dan dijaga
Hasil didikan santri di pesantren ditentukan oleh kepemimpinan kiai, karena kiai sebagai seorang pemimpin di pesantren selalu membekali pengetahuan dan juga penerapan atau internalisasi nilai-nilai kearifan lokal. Nilai-nilai yang ditanamkan di pesantren bisa disebut Six Value System atau enam sistem nilai.
Pertama, teological value (nilai teologis). Teological value merupakan nilai-nilai yang berbasis pada wahyu ilahi, atau dalil-dalil naqli, yakni al-Quran, hadits, dan ijtihad para ulama. Pengembangan nilai teologis dalam konteks pendidikan ini akan mampu melahirkan insan-insan yang beriman, bertakwa, sabar, tawakal, syukur, dan sebagainya.
Pada dasarnya, cita-cita pendidikan memiliki relevansi yang kuat dengan cita-cita agama (Islam). Hal itu sebagaimana tertuang dalam Undang-Undang Sistem Pendidikan Nasional, bahwa pendidikan adalah usaha sadar dan terencana untuk mewujudkan suasana belajar dan proses pembelajaran agar peserta didik secara aktif mengebangkan potensi dirinya untuk memiliki kekuatan spiritual keagamaan, pengendalian diri, kepribadian, kecerdasan akhlak mulia, serta keterampilan yang diperlukan dirinya, masyarakat, bangsa, dan Negara.
Kedua, phisic and psichological value (nilai fisik dan psiologis). Ini merupakan nilai-nilai yang berbasis pada hukum alam semesta. Hukum alam yang berifat sunatullah mengandung aturan yang konsisten dan pasti. Seorang pemimpin dan pendidikan yang baik, terpancar dalam sikap dan perilakunya, untuk tidak bertentangan dengan sunatullah (hukum-hukum alam), termasuk hukum negara.
Manusia sebagai pemimpin di muka bumi (khalifah fil ardi) sejatinya memperlakukan alam raya dengan sebaik- baiknya. Karena, kebaikan dan keburukan yang dilakukan manusia terhadap alam itu akan kembali kepada manusia itu sendiri.
Ketiga, logical value (nilai logika). Logical value merupakan nilai-nilai yang berbasis pada akal pikiran manusia. Akal pikiran manusia memiliki cara kerja yang konsisten, yaitu dapat membedakan yang hak (benar) dan yang batil (salah). Daya pikir melahirkan logika yang dikembangkan dan dipertajam dengan cara mengembangkan pemahaman terhadap fenomena alam melalui proses berpikir (tafakur). Bagi Al-Latas, setiap ruh insan memiliki daya akliyah (cognitive power) yang dapat membentuk dan menyampaikan isyarat-isyarat bermakna (meningful signs). Daya aqliyyah ini juga memiliki daya untuk membuat penilaian moral, membedakan antara yang benar dan yang palsu.