Karena itulah, Kiai Jamal juga mulai melakukan pelembagaan terhadap halaqoh yang dirintisnya, meskipun dimulai dengan cara yang snagat sederhana. Ia mengajak musyawarah tokoh-tokoh masyarakat untuk melembagakan halaqoh pengajiannya. Berkat gotong royong masyarakat setempat, akhirnya dibelilah sebuah rumah berukuran 10 x 20 meter dari seorang Tionghoa. Rumah yang berada di Kampung Pasayangan, Martapura, itu kemudian dirombak disesuaikan dengan kebutuhan dan dijadikan tempat belajar agama dan diberi nama “Madrasah Darussalam”. Itu terjadi pada 1914 (yang kelak tercatat sebagai sejarah berdirinya Pondok Pesantren Darussalam).
Di Madrasah Darussalam ini, pendidikan agama masih diberikan dengan sistem tradisional seperti sebelumnya. Para santri tetap membentuk halaqoh. Tua, muda, anak-anak, laki dan perempuan masih duduk melingkar saat mengaji. Materi pengajiannya adalah kitab-kitab kuning tentang fikih, tasawuf, dan sebagainya. Sayangnya, Kiai Jamal tak lama mengembangkan lembaga pendidikan dirintisnya. Lima tahun kemudian, pada 1919, ia wafat, dan kepemimpinan Madrasah Darussalam diteruskan oleh KH Hasan Ahmad.
Saat itu, Kiai Hasan masih meneruskan model pendidikan diwariskan Kiai Jamal. Ia masih menggunakan model halaqoh, dan santrinya dari masyarakat sekitar. Namun, sentuhan Kiai Hasan juga tidak lama. Pada 1922 ia wafat, dan kemudian digantikan oleh KH M Kasyful Anwar. Mungkin karena masa kepemimpinannya panjang, dari 1922 hingga 1940, pada periode inilah KH M Kasyful Anwar mulai mengenalkan dan mengadopsi sistem modern, model klasikal, pada pendidikan di Madrasah Darussalam.
Tak hanya melakukan pembaruan sistem pendidikan, KH M Kasyful Anwar juga banyak melakukan pembangunan dan pengembangan fisik untuk sarana belajar mengajar. Gedung-gedung lama dipugar dan gedung baru dibangun bertingkat. Selain pengajian dengan sistem tradisional, pendidikan agama juga mulai diberikan dengan mengadopsi sistem modern dengan jenjang kelas (klasikal).