Pesantren ini memang tak banyak memiliki santri. Jumlah santrinya hanya puluhan orang. Tapi begitu banyak jejak sejarah yang masih tersimpan di salah satu pondok pesantren tertua di Indonesia ini. Usianya telah mencapai 412 tahun! Sejarahnya mewarnai perkembangan pendidikan Islam di tanah Nusantara ini.
Saat ini, pesantren yang menjadi penanda salah satu sudut Kota Semarang, Jawa Tengah, ini dikenal sebagai Pondok Pesantren Salafi Luhur Dondong. Dulu orang mengenalnya sebagai Pondok Luhur Dondong atau Pesantren Luhur Dondong. Disebut begitu karena ia berada di Kampung Dondong, Kelurahan Wonosari, Kecamatan Ngaliyan, Kota Semarang.
Pondok Luhur Dondong didirikan pada awal abad ke-17. Persisnya, ada menyebut tahun 1609 Masehi. Ada pula sumber yang menyebut tahun 1612 Masehi. Pendirinya adalah Kiai Syafii Pijoro Negoro.