Sejarah Pondok Luhur Dondong ini benar-benar sejarah perjuangan pesantren dalam arti sebenarnya, yang turut menandai pasang surutnya zaman. Selain sebagai tempat ibadah dan mengaji, beberapa kali pesantren ini menjadi pusat berjuangan melawan penjajah.
Sejarah mencatat, Pondok Luhur Dondong pernah dijadikan markas gerilyawan pasukan Pangeran Diponegoro saat Perang Jawa. Lalu pada tahun 1949, pernah dijadikan markas tentara BKR/TKR, yang dikenal sebagai Markas Medan Barat dengan pimpinan pasukan Letkol Iskandar Idris.
Telah lebih dari empat abad Pondok Luhur Dondong tetap bertahan di tengah derasnya arus perubahan. Dengan tetap mempertahan tradisi yang dibangunnya, Pondok Luhur Dondong tetap eksis meskipun tak segegap gempita pesantren-pesantren modern yang jumlah santrinya mencapai ribuan atau belasan ribu. Kini jumlah santrinya kurang 50 orang yang berasal dari berbagai daerah seperti Jakarta, Bogor, Sragen, Kendal Batang, Demak, Jepara, dan Kudus. Ada juga yang dari luar Jawa seperti Sulawesi, Sumatera, dan Lampung.