Angkatan pertama Pesantren Kombos merupakan utusan dari berbagai daerah di wilayah Sulawesi Utara, seperti Manado, Gorontalo, Bitung, Tandano, dan Sangihe. Saat itu, jumlah santrinya 24 orang. Kini, jumlah santrinya sudah mencapai ratusan orang.
Sesuai dengan semangat awal pendiriannya, selama lebih dari tiga dekade ini Pesantren Kombos istikamah untuk menyiapkan kader-kader pembangunan bangsa berbasis keimanan, ketakwaan, dan kebangsaan.
Memang tak segegap-gempita pesantren-pesantren di Jawa. Namun, di Pesantren Kombos sudah lama didukung oleh lembaga pendidikan formal, seperti Madrasah Tsanawiyah (MTs) dan Madrasah Aliyah (MA), dan semua siswanya merupakan santri mukim. Selain itu, seperti laiknya pesantren, Pondok Kombos juga menyelenggarakan pendidikan diniyah. Selain itu, pesantren ini juga menggelar program pendidikan agama nonreguler yang bisa diikuti oleh masyarakat sekitar.
Dengan tetap mempertahankan penyemaian ajaran Islam moderat, keberadaan Pesantren Kombos diterima baik oleh masyarakat Manado yang mayoritas beragama Kristen. Bahkan, berkat bantuan masyarakat, pesantren ini makin berkembang yang, salah satunya, ditandai dengan munculnya bangunan-bangunan baru seperti asrama berlantai tiga, gedung perpustakaan, laboratorium bahasa, kelas multimedia, serta sebuah mesjid yang cukup megah. Alhasil, Pesantren Kombos telah menghadirkan wajah Islam yang rahmah di tengah-tengah “Kota Seribu Gereja”.