Jika pelaksanaan pendidikan pada umumnya mengalami banyak hambatan karena pandemi Covid-19, begitu pula untuk pendidikan inklusi. Bisa dipastikan, selama masa pandemi, banyak masalah dan hambatan yang dialami oleh sekolah-sekolah yang menerapkan sistem pendidikan inklusif.
Hambatan-hambatan yang ada pada pendidikan inklusif pada era pandemi, meliputi, pertama, sulitnya mencari tempat pendidikan yang aman dan nyaman bagi ABK. Selain itu, karena memang tidak semua sekolah menerima siswa berkebutuhan khusus. Terlebih lagi, di daerah-daerah sangat sulit mencari sekolah yang menerapkan sistem pendidikan inklusif.
Kedua, terbatasnya tenaga pengajar. Pada kondisi normal, tenaga pengajar ataupun guru akan lebih memperhatikan siswa berkebutuhan khusus karena agar dapat menyeimbangkan pembelajaran seperti siswa lainnya. Namun, dalam masa pandemi seperti ini, akan menjadi hambatan tersendiri karena guru akan kesulitan untuk menemukan cara dalam membantu siswa berkebutuhan khusus.
Ketiga, keterbatasan jarak. Siswa akan lebih mengerti apabila diajarkan secara intensif, terutama pada siswa yang memiliki “ketunaan”. Hal ini menjadi sulit karena pertemuan intensif terbatas oleh jarak karena adanya peraturan untuk belajar di rumah selama masa pandemi.