Amin Abdullah mendefinisikan integrasi-interkoneksi yang dimaksud bukan sekadar mencocok-cocokan antardisiplin ilmu, melainkan dibutuhkan kerja sama, saling tegur sapa, saling membutuhkan, saling koreksi, dan saling memiliki keterhubungan antara berbagai disiplin keilmuan supaya tidak ada pemisah antarilmu atau dikotomis. Karena, setiap bidang keilmuan membutuhkan bidang keilmuan lainnya. Seperti halnya ilmu agama yang membutuhkan ilmu lain untuk memahaminya, karena ilmu dan agama saling terkait dan melengkapi.
Zaman telah berbeda. Minat mahasiswa dalam menekuni khazanah intelektual Islam saat ini telah pudar, bahkan mungkin hilang. Kampus UIN yang dahulu mencetak para pemikir Islam, saat ini tak ubahnya seperti ‘kampus urban’. Urbanisasi UIN di satu sisi positif, karena terbuka terhadap keilmuan umum. Namun, sisi negatifnya adalah mahasiswa alih-alih mampu merekonstruksi diskursus keislaman; mahasiswa yang mampu memahami turats saja bisa dihitung jari.
Di masa lampau, saat UIN masih berstatus IAIN, bisa dikatakan dalam diskursus keislaman, mahasiswa kala itu sangatlah ‘canggih’. Para pemikir Islam kiri, semisal Hasan Hanafi, Muhammad Arkoun, dan Muhammad Abid Al-Jabiri merupakan bahan diskusi sehari-hari. Hal demikian wajar sebab, dalam berliterasi, mahasiswa gemar menggeluti kajian keislaman. Jika dahulu mahasiswa lebih mengetahui pemikiran Sayyid Qutb daripada Gus Dur, maka saat ini jangankan Sayyid Qutb, Gus Dur pun hanya dinikmati biografinya daripada pemikirannya.
Realita ini amat disayangkan sekali. UIN sebagai kampus yang nota bene Islam telah mengalami dekadensi intelektual keislaman. Di UIN Yogyakarta, fakultas yang fokus dalam kajian Islam -tanpa mendiskreditkan fakultas lain- setidaknya ada pada dua fakultas, yakni Fakultas Syariah dan Hukum serta Fakultas Ushuluddin dan Pemikiran Islam. Meski begitu, untuk saat ini, kedua fakultas tersebut masih belum mampu memberikan terobosan baru dalam bidang keislaman. Ibarat kata, kedua fakultas ini seakan kehilangan gairah untuk mendiskusikan masalah umat yang semakin hari semakin beragam.