Sisi lain mengenai terorisme yang pernah diungkapkan Gus Dur, yaitu bahwa tindakan teroris itu diakibatkan oleh kedangkalan pemahaman mengenai agama. Pernah suatu ketika Gus Dur bertemu dengan Yusril Ihza Mahendra. Dalam pertemuan tersebut Yusril mengungkapkan kekecewaannya kepada Gus Dur karena bergaul sangat erat dengan Yahudi dan Nasrani. Yusril berargumen bahwa dalam Al-Qur’an dinyatakan bahwa salah satu tanda muslim yang baik adalah “bersikap keras terhadap orang kafir dan bersikap lembut terhadap sesama muslim.” Menanggapi hal itu, Gus Dur memberikan jawaban telak dengan memerintahkan Yusril untuk menelaah kembali ajaran Islam dengan mondok di pesantren. Gus Dur juga menjelaskan bahwa yang dimaksud kafir si situ adalah orang musyrik yang ada di Mekkah.
Cerita tersebut tidak bermaksud menilai bahwa Yusril masuk dalam jaringan teroris, tetapi mengambil nilai substansialnya, yaitu masih ada pendangkalan pemahaman seperti itu. Menurut Gus Dur, tindakan teroris dan kerusuhan-kerusuhan yang ada akibat para pelaku tidak mengerti, bahwa Islam tidak membenarkan tindak kekerasan dan diskriminatif. Satu-satunya tindakan yang membenarkan kekrasan secara individual adalah, jika kaum muslimin diusir dari rumahnya sendiri (idza ukhrujuu min diyaarihim).
Tindakan teroris sampai sekarang masih masih eksis dijalankan oleh sebagian kaum muslimin. Ini diakibatkan rendahnya mutu sumber daya manusia para pelaku tindak pidana terorisme. Mutu yang rendah ini dapat dikembalikan kepada aktivitas imperialisme dan kolonialisme yang telah cukup lama menguasai kaum muslimin. Ditambah lagi orientasi pemimpin kaum muslimin yang sekarang menjadi elite politik nasional. Mereka lebih dominan mementingkan kelompoknya sendiri dan membangun masyarakat Islam yang elitis.
Solusi yang ditawarkan oleh Gud Dur untuk mengatasi masalah ini yaitu dengan mengadakan penafsiran baru (reinterpretasi). Melalui mekanisme inilah kaum muslimin bisa melakukan koreksi atas kesalahan yang diperbuat sebelumnya, maupun memberikan respons yang memadai atas tantangan yang dihadapi. Jelas dengan demikian Islam adalah agama kedamaian bukannya agama kekerasan. Proses berkembangnya Islam di Indonesia adalah bukti nyata akan hal itu.
Dengan demikian, dapat disimpulkan bahwa aksi terorisme disebabkan oleh beberapa hal, di antaranya yaitu dangkalnya pemahaman terhadap pengetahuan agam Islam sehingga dalam melakukan tindakan dengan segala cara, termasuk kekerasan. Penanggulangan aksi terorisme ini perlu adanya sinergi super baik dari pemerintahan maupun warga sipil. Tindakan preventif petugas keamanan wajib diadakan secara terus menerus untuk mendeteksi kemungkinan adanya tindakan teroris. Warga sipil terutama kaum muslimin juga harus membekali ilmu agama dengan cukup supaya tidak salah dan kaku dalam meinterpretasikan ayat-ayat Qur’an.