Pertama, pendekatan kultural (budaya) yang lebih bersifat jangka panjang. Untuk mempermudah memehamai teori ini, taruhlah organisasi masyarakat yang ada seperti Muhammadiyah dan NU yang keduanya dibentuk pada abad ke-20 Masehi. Akar-akar keduanya kembali pada masa lampau yang panjang, yaitu proses masuknya Islam ke Indonesia hingga sekarang. Walaupun keduanya memiliki perbedaan yang kontras, karena proses kelahiran dan respons terhadap masalah yang berbeda pula satu sama lain. Muhammadiyah yang didirikan pada 1912 dibentuk sebagai respons masyarakat muslim Indonesia yang menganggap perlu adanya pemurnian agama untuk dapat menjawab tantangan dari dalam maupun luar. Sementara, NU yang lahir pada 1926 berawal dari kegalauan ulama tradisional terhadap modernisasi terhadap berbagai hal yang menjadi buah pikir ulama tradisional selama ini.
Kesemuanya menunjukkan reaksi muslimin atas tantangan yang ada. Meskipun berbeda, tetapi keduanya sama-sama menunjukkan adanya reaksi kultural terhadap perkembangan yang ada. Reaksi kultural tersebut selalu bersikap untuk berubah demi perubahan sosial yang tidak memakai kekerasan. Pada intinya, gejala sosial yang ada diselesaikan dengan paradigma Islam, namun tetap mengedepankan perdamainan dan keamanan.
Kedua, pendekatan institusional atau kelembagaan yang sebenarnya dilakukan kelompok yang oleh Gus Dur disebut sebagai kelompok atau orang-orang yang kurang mengerti ajaran Islam. Mereka melihat adanya ancaman di mana-mana. Mereka melihat hal tersebut membahayakan terhadap lembaga yang bernama agama Islam. Akhirnya mereka membela Islam dengan caranya sendiri, termasuk dengan kekerasan. Dari paradigma inilah muncul teroris-teroris.
Dengan teori tersebut, tampak bahwa Gus Dur ingin mengajak untuk melihat kenyataan dengan lebih rasional, daripada dengan jalan emosional. Perlu adanya pemberian keterangan rasional yang dapat dijadikan pegangan dalam mengatasi permasalahan yang terjadi. Pendekatan dialogis dengan paham-paham lain harus dijalankan untuk memperoleh satu pegangan yang jelas dalam menyelesaikan permasalahan yang kompleks.
Dalam tulisannya, Gus Dur seakan bercerita bahwa terorisme memang cukup merajalela di Indonesia. Pada tahun 2002, peledakan tiga buah bom berkekuatan sangat tinggi di Bali. Kejadian ini memakan banyak korban dengan jumlah korban jiwa sekitar 200 yang 80 di antaranya merupakan kewarganegaraan Australia. Gus Dur dalam tulisannya menuturkan, pada saat itu belum ada tindakan yang jelas dari pemerintah untuk memberantas dan mengikis habis terorisme. Yang terjadi adalah sebaliknya, para teroris semakin merajalela dan mendorong masyarakat untuk menganggap hal tersebut merupakan perbuatan luar negeri yang tidak dapat diatasi. Ditambah lagi pertentangan-pertentangan yang terjadi di lingkaran elite politik. Ada usul supaya kegiatan-kegiatan intelejen dikoordinasi oleh sebuah badan baru. Saat itu, hal ini dipandang Gus Dur sebagai ketidak siapan pemerintah dalam menghadapi kejadian yang ada.
Lewat cerita tersebut, Gus Dur seakan ingin memberi tahu kepada masyarakat yang tidak tahu akan keadaan yang sebenarnya. Dan Gus Dur juga tentunya berpikir bahwa dengan ia menulis hal tersebut, akan dibaca untuk kemudian diketahui generasi ke generasi mengenai gejala terorisme dan penanganannya di masa tersebuat. Selain itu, Gus Dur juga seakan memberikan kritik kepada pemerintah untuk segera mengambil tindakan tegas guna menyelesaikan tindakan teroris berikut dengan tindakan-tindakan preventifnya. Mengingat kejadian tersebuat memakan banyak korban jiwa dan berdampak besar terhadap pariwisata dan perekonomian.