Setelah para santri kembali ke pondok, sebelum dilakukan kegiatan belajar mengajar, akan dilakukan karantina selama 14 hari di gedung khusus. Selama menjalani isolasi, para santri juga akan diberikan berbagai kegiatan agama, seperti mengkaji al-Quran dan kitab kuning untuk menghilangkan rasa jenuh selama menjalani karantina. Setelah masa karantina usai, barulah kegiatan belajar mengajar dimulai.
Untuk mengantisipasi penyebaran Covid-19, pihak pondok juga telah bekerja sama dengan puskesmas dan menyediakan dokter khusus dari pesantren. Hal tersebut dilakukan agar protokol kesehatan tidak dilanggar oleh para santri.
