Di dalam pesantren, seorang santri harus hidup bersama-sama dengan santri-santri lain yang berbeda suku dan bahasanya. Mereka hidup bersama dalam satu sistem pendidikan selama 24 jam nonstop. Karena itulah, di dalam pondok pesantren santri juga diajari bagaimana berorganisasi, agar semuanya bisa berjalan seperti seharusnya.
Contohnya, ketika makan, kita diharuskan untuk mengantre terlebih dahulu, mengambil makanan secara bergiliran, tidak berebutan. Ketika saatnya mandi, kita juga diharuskan untuk mengantre, mandi bergiliran, tidak berebutan. Itu dengan sendirinya menjadi bagian dari pembelajaran berorganisasi. Kita diajarkan untuk bersabar dalam mengantre. Pendek kata, di dalam pesantren apa yang kita lihat, kita dengar, dan kita rasakan adalah sebuah proses pendidikan dan pembelajaran.
Organisasi mengatur semua hal yang ada di pesantren, dari bangun tidur sampai tidur lagi. Organisasi menjadikan santri lebih disiplin dalam semua aspek. Melalui organisasi dan pengorganisasian segala aktivitas, dengan sendirinya santri dilatih untuk bersosialisasi dan berintrasksi dengan banyak orang dengan berbagai karakter dan kepribadian yang sangat beragam.