Karena itu, di pondok pesantren sudah lazim dibentuk beberapa organisasi, seperti organisasi santri, organisasi asrama, dan organisasi kelas. Biasanya, organisasi santri di bawah naungan asatidz dan asatidzah. Organisasi santri ini berfungsi untuk mengatur santri-santri yang kemudian dibantu oleh organisasi asrama dan organisasi kelas\angkatan. Di dalam setiap organisasi ini juga terdapat ketua dan wakil ketua, yang berkewajiban untuk mengatur anggota-anggotanya dalam menjalankan tugas dan kegiatan.
Dalam organisasi santri, santri diharuskan untuk mengatur para santri. Salain itu, kita juga diharuskan menyeru kepada kebaikan dan mencegah kemunkaran. Dalam organisasi santri, pengurus diajarkan untuk menjadi teladan bagi santri lain, dan mengingatkan apabila anggota atau adik kelas melakukan kesalahan dan memberi hukuman apabila melanggar. Pengurus organisadi di lingkungan pesantren dengan sendirinya sedang berperan sebagai pemimpin.
Karena itu, terlibat aktif di setiap organisasi yang ada di lingkungan pondok pesantren memiliki banyak keuntungan. Bisa merangsang kreativitas, memunculkan ide-ide, sehingga akan membentuk pribadi yang kreatif dan berpikir di luar kerangka baku. Juga mengajarkan dan melatih santri untuk bisa mencari pemecahan masalah, kerja keras, bertanggung jawab, pantang menyerah, kuat dalam menghadapi tekanan, dan tidak suka berpangku tangan.