Habib Ali Bafaqih meninggal pada 27 Februari 1997 M di Loloan Barat Jembrana Bali dalam usia 107 tahun. Sebelum meninggal, Habib Ali Bafaqih sempat membaiat Habib Luthfi Bin Yahya untuk menjalankan Thariqah Qadiriyah. Saat itu, Thariqah Qadiriyah bersama dengan KH Abdullah Salam Kajen sedang berada di rumah Habib Ali Bafaqih.Kini makam Habib Ali Bafaqih yang terletak di area Pondok Pesantren Syamsul Huda Jl Semangka Desa Loloan Barat, Kecamatan Negara, Kabupaten Jembrana, selalu diziarahi banyak orang dari berbagai pelosok negeri, menjadi penanda adanya Wali Pitu di Pulau Dewata.
