Dalam prosesnya, Sunan Kalijaga mencoba mentransformasikan sedemikian rupa supaya jauh berbeda dengan seni wayang di zaman Jawa Kuno. Dari mulai bentuk wayangnya, arti dari nama wayangnya, makna dari wayang yang dibuat, hingga tata cara mengikuti pergelaran wayang diperbarui oleh Sunan Kalijaga.
Tetapi para wali, khususnya Sunan Kalijaga memang tidak semerta-merta langsung menjadikan wayang sebagai media dakwah ketika itu. Sebelum sampai pada keputusan wayang bisa dijadikan media dakwah, para wali berunding bersama dengan Sultan Demak. Perundingan itu menghasilkan 9 poin kesepakatan.
Pertama, seni wayang harus mempunyai perubahan yang signifikan seiring perkembangan zaman. Dengan begitu, seni wayang yang digunakan untuk media dakwah berbeda dengan seni wayang yang ada di zaman Jawa Kuno.
Kedua, Seni wayang harus bisa dijadikan sebagai media dakwah, bukan lagi sebatas sebagai hiburan dan tempat bermaksiat seperti sebelumnya.
Ketiga, wayang yang ketika dulu bentuknya sama persis seperti bentuk manusia pada umumnya harus diubah. Perubahan bentuk harus dilakukan karena menurut Islam segala sesuatu yang menyerupai postur manusia dihukumi haram.
Keempat, cerita-cerita yang dibawakan harus bernuansa Islam untuk menghindari kemusyrikan. Sebelumnya, cerita yang digunakan adalah cerita-cerita mitologi atau bisa juga legenda, seperti, cerita Mahabharata, yang di dalamnya ada tokoh-tokohnya, yang nanti diubah sedemikian rupa dengan versi Islam.
Kelima, pergelaran wayang tidak hanya sebagai hiburan semata, melainkan harus bernuansa ke-islaman, seperti menceritakan tentang keimanan, ibadah, akhlak, dan sopan santun. Dengan demikian pertunjukan wayan akan lebih bermanfaat.
Keenam, kisah wayang yang menceritakan tentang dewa-dewa pada wayang asli, harus diubah dan digambarkan mempunyai sifat-sifat ketuhanan atau ketauhidan.