Dalam pandangan Abdurrahman Wahid, agama-agama begitu juga dengan Islam, merupakan kesadaran individu dan urusan pribadi. Oleh karena itu, tidak perlu diformalkan. Gus Dur sangat menentang kelembagaan agama apa pun, begitu juga dengan Islam. Menurutnya, apabila agama diformalkan akan berakibat eksklusif, tidak toleran, dan tidak adil kepada mereka yang berlainan paham, terutama kepada umat yang tidak seagama.
Dia menjelaskan: Sejarah telah memberikan pelajaran kepada kita tentang kelembagaan agama. Betapa hebatnya sebuah agama sekalipun, pendiriannya tidaklah mengajarkan orang untuk mencintai kelembagaan apa pun. Yang disampaikan adalah kebenaran, yang dalam Islam berupa tauhid (ajaran tentang keesaan Tuhan dan keutusan Muhammad SAW). Atas dasar itu, segala macam institusi yang mengatasnamakan Islam sebenarnya hanya bersifat perkiraan (ijtihadi) belaka.
Kelembagaan agama, khusus dalam kasus Islam, akan mempersempit peran Islam itu sendiri dan begitu juga dengan kaum Muslim. Padahal kaum Muslim menyakini dengan benar bahwa Islam itu adalah rahmatan li al-alamin, sebagai rahmat bagi semesta. Karena itu, Islam seharusnya dimasukkan ke berbagai macam aspek kehidupan, tidak harus dilembagakan. Pelembagaan itu sendiri berarti membatasi diri, dan ini akan merugikan Islam dan kaum Muslim. Selain itu, kelembagaan tersebut akan menafikan kelompok lain di luar mereka yang tidak sepaham, padahal Islam dan kaum Muslim tidak pernah dibatasi oleh kelembagaan tersebut.
Karena itu, Gus Dur tetap menganggap seorang itu Muslim walau dia tidak melaksanakan ajarannya, seperti salat, zakat, atau puasa. Gus Dur tidak menafikan keislaman yang hanya pengakuan atau kepercayaan atau keyakinan terhadap keesaan Tuhan dan kerasulan Muhammad, tanpa diiringi dengan pelaksanaan terhadap syariat Islam. Baginya, orang itu tetap sebagai seorang muslim.
Di sini, terlihat jelas betapa Gus Dur ingin menjadikan Islam tidak hanya milik bagi mereka yang secara formalitas mengerjakan amalan-amalan Islam, tetapi juga bagi mereka yang mengakui Islam sebagai keyakinannya, walaupun belum melaksanakan amalan-amalannya.
Bila dilihat secara teologi, pandangan Gus Dur tersebut mengikiuti konsepsi Ahl al-Sunnah wa al-Jama’ah, sebagaimana juga dalam NU. Dalam pandangan Ahl al-Sunnah wa al-Jama’ah, dijelaskan bahwa keyakinan adalah tashdiqun bi al-qalb, pembenaran dengan hati. Keimanan seorang, dalam pandangannya selalu berproses, karena itu jangan cepat mengambil simpulan apalagi mengkafirkannya. Dalam proses itulah orang akan mencapai kebenaran yang dicarinya, baik itu yang secara formal beragama Islam maupun bukan.
Pemikiran Gus Dur tentang Islam sebagai agama proses, dapat ditelusuri konsepsinya pada seorang tokoh intelektual Muslim asal Sudan, Mahmoud Taha. Dalam pandangannya, Islam adalah suatu proses intelektual di mana seorang hamba berproses dalam penghambaannya di suatu jenjang yang terdiri dari tujuh tahapan, yaitu: al-islam, al-iman, al-ihsan, ilm al-yaqin, ilm ain alyaqin, ilm haqq al-yaqin, dan al-islam.
Islam pada tahap awal, hanyalah kepatuhan eksternal yang berurusan dengan ucapan dan tindakan. Sedangkan, Islam pada tahap akhir merupakan kepatuhan eksternal dan internal (sejati) sekaligus, dan merupakan penyerahan dan kepatuhan intelegensia (dengan pengetahuan), serta penerimaan atas Allah baik secara pribadi maupun umum. Islam yang dimaksudkan Gus Dur di sini, adalah Islam pada tahap akhir. Islam pada tahap akhir inilah yang menjadi keyakinan Gus Dur, dan karena itulah dia memaknainya sebagai keyakinan yang menebar kasih sayang, toleran, dan menghargai perbedaan.