Bagi Abdurrahman Wahid, Islam adalah keimanan yang mengakui bahwa dalam pendangan Tuhan semua manusia adalah setara, baik muslim maupun nonmuslim. Gus Dur menjelaskan: “Saya menganggap semua agama ditentukan oleh keikhlasan dan kesungguhan pemeluknya. Itulah yang saya minta untuk dihormati, bukan penafian satu sama lain.”
Kendati pandangan Gus Dur tersebut dipandang liberal oleh sebagian kaum Muslim, namun dia tetap menuntut agar kaum Muslim tetap melaksanakan syariat Islam (hukum Islam) sebagai konsekuensi kepatuhan dan ketundukannya kepada Tuhan. Namun dia mengingatkan, bahwa Islam jangan hanya dijadikan sebagai seremonial keagamaan belaka, justru kaum Muslim harus menegakkan syariat Islam secara fungsional.
Lebih jauh lagi dia menegaskan, bahwa pelaksanaan syariat Islam tersebut, harus melihat stuasi dan kondisi. Dalam kehidupan berbangsa dan negara umpamanya, kaum Muslim cukup melaksanakan partikel dari syariat Islam yang dapat diterima oleh semua pihak, sedangkan selebihnya dijadikan etika bagi masyarakat Muslim.
Dalam kehidupan berbangsa dan bernegara, Gus Dur meletakkan Islam dengan cara mencari subtansi ajaran, dan bukan institusinya. Inilah yang kemudian pertama-tama bisa menjadi inti sekaligus menjadi jembatan untuk melihat di antara perbedaan semua pandangan agama, baik Muslim maupun non-Muslim.
Gus Dur melihat bahwa Islam di Indonesia baru pada tataran aspek seremonial, belum pada aspek fungsional, yang merupakan inti dari ajaran Islam. Gerakan-gerakan Islam, yang katanya memperjuangkan kepentingan Islam melalui negara, kebanyakan hanyalah memperjuangkan kepentingan politik atau ideologi yang mereka miliki sendiri. Kepentingan Islam justru akhirnya tertutupi oleh kepentingan sendiri.
Sedangkan, corak fungsional yang diperjuangkan oleh gerakan hak asasi manusia dan corak hukum yang diingini, ternyata diperjuangkan oleh mereka yang tidak menggunakan wawasan agama, paling tidak formalitas hukum Islam, formalitas keadilan, dan formalitas demokrasi, yang semuanya merupakan perwujudan hak-hak asasi manusia yang bersederajat dan berkedudukan sama. Akan tetapi, inilah yang tidak berarti hingga saat ini, karena gerakan Islam pada umumnya baru tersentuh oleh aspek ornamental belaka dari pelaksanaan agama samawi.
Menurut Gus Dur, yang harus diambil adalah pendapat kedua, karena pendapat pertama berarti formalisasi agama dalam kehidupan bernegara. Karena itu, Gus Dur menjelaskan, bukankan lebih praktis memperjuangkan Islam melalui hak asasi manusia dan persamaan kedudukan seluruh warga negara, daripada menjelaskan sebaliknya? Demikian pula, bukankah pemerintahan despot dan tiran yang dikutuk oleh hak asasi manusia dan demokrasi, juga ditolak oleh hukum Islam.
Islam, sebagai agama yang sempurna sebagaimana dijelaskan oleh QS al-Ma’idah (5): 3, diyakini benar kebenarannya oleh Abdurrahman Wahid. Akan tetapi, konsepsi kesempurnaan tesebut agak berbeda dengan tokoh-tokoh intelektual muslim lainnya.