Yang menarik, sejak awal Pondok Pesantren Sunan Drajat ini memang dirancang untuk mandiri secara ekonomi. Karena itu, kini Pesantren Sunan Drajat memiliki banyak unit usaha yang dikelola secara profesional melalui Lembaga Perekonomian PPSD (Pondok Pesantren Sunan Drajat).
Di antara unit usahanya, misalnya, rumah makan, took material, serta percetakan dan penerbitan yang mencetak dan menerbitkan sendiri kebutuhan buku dan kitab para santri. Pesantren ini juga mempunyai koperasi pesantren BMT Sunan Drajat yang kini sudah memliki sebelas cabang se-Jawa Timur.
Selain itu, Pesantren Sunan Drajat memiliki unit usaha produksi pupuk organik dan jus kesehatan dari mengkudu. Ada juga pabrik roti hingga tekstil. Produksi garam merupakan salah satu unit besar yang dikelola pesantren. Yang fenomenal, Pesantren Sunan Drajat juga mampu memproduksi kapal laut. Biasanya, TNI Angkatan Laut dan Kementerian Perhubungan memesan kapal untuk patrol laut dari Pesantren Sunan Drajat. Bahkan, Pesantren Sunan Drajat juga memiliki jaringan radio dan televise sendiri.
Seluruh unit usaha Pesantren Sunan Drajat ini dikelola sendiri oleh para santri dengan didampingi para profesional di bidangnya. Para santri yang bekerja di unit-unit usaha tersebut juga memperoleh gaji sebagaimana mestinya. Banyak pula lulusan pesantren yang akhirnya bekerja di unit-unit usaha tersebut.
Selain itu, sebagian besar unit usaha Pondok Pesantren Sunan Drajat juga melibatkan dan bekerja sama dengan masyarakat sekitar, entah itu pegawai atau bahkan pemasoh barang atau bahan. Dengan demikian, unit-unit usaha Pondok Pesantren Sunan Drajat ikut mendorong pertumbuhan perekonomian masyarakat sekitar.
Sebagai pesantren yang sejak awal memang dirancang untuk mandiri secara ekonomi, maka keuntungan unit-unit usaha tersebut memang diniatkan untuk membiayai kebutuhan pengelolaan pesantren. Dengan demikian, santri tidak perlu mengeluarkan biaya pendidikan yang mahal karena sebagian beban biaya telah ditutup dengan keuntungan usaha pesantren.
Dengan begitu, pesantren warisan Wali Songo ini terus berkembang hingga kini.