Pada 1973, dengan dukungan penuh keluarga besar dan jemaat majelis taklim, Syarifah Nafisah meresmikan berdirinya Pondok Pesantren Islam Putri Azzahro. Ini merupakan salah satu pondok pesantren putri yang berada di Kampung Arab Bondowoso. Visinya adalah mencetak anak didik yang beriman dan bertakwa, dan menjadi pahlawan Islam yang bergerak karena Allah.
Memimpin Pondok Pesantren Islam Putri Azzahro, Syarifah Nafisah berperan sebagai pioner dengan memberikan contoh yang baik untuk santri-santrinya. Ia selalu mengajarkan konsep hidup sederhana namun tetap menjadi manusia berprinsip kuat.
Beberapa upaya dan prinsip Syarifah Nafisah dalam memimpin pesantren yang masih kental dengan konsep klasik (tradisional) dan menekankan kesederhanaan, di antaranya membangun pondok pesantren yang sederhana, baik bangunan ataupun lingkungannya dan menjalankan sistem pembelajaran pesantren berupa halakoh dan lebih mengedepankan pembelajaran kitab kuning.
Selain itu, di pesantrennya juga diterapkan pola hidup sederhana, seperti santri mencuci dan memasak sendiri, yang masih dengan konsep tradisional, seperti tetap memakai tungku dalam memasak. Bahkan, pesantren ini tidak membuat kalender, pamflet, atau banner sebagai bentuk promosi. Penyebaran informasi keberadaan pesantren hanya dari mulut ke mulut. Namun, di pesantren ini disediakan fasilitasi kegiatan ekstrakurikuler, santri seperti memasak dan menjahit.
Pesantren yang dirintis Syarifah Nafisah ini telah banyak melahirkan kader santri. Di antaranya adalah Khadeejah Assegaf yang kini dikenal sering menggelar majelis taklim rutinan di Jakarta. Ada juga Syarifah Muzunnah Al-Hamid dari Tanggul, Jember, yang sukses mendirikan madrasah di desanya. Nama lain adalah Syarifah Raguan Al-Muhdhor dari Bangil, Pasuruan, yang mendirikan madrasah di Bondowoso dan Madinah. Ada juga Fatimah dari Bangil yang mendirikan pesantren, Layla Al Hamid Ujung Pandang mendirikan pesantren, dan Rahma Al-Bayti mendirikan majelis taklim di Singaraja Bali.
Berkat perjuangan dan kesungguhannya sebagai seorang santri, Syarifah Nafisah telah berhasil mendidikan kader-kader santri yang kini sudah berkiprah meneruskan perjuangannya di berbagai daerah. Sebagai seorang perempuan alim dengan ketinggian ilmu dan kemuliaan adabnya, sosok Syarifah Nafisah memiliki banyak nilai sebagai seorang motivator bagi santri-santrinya.