Mukadimahnya berisi pujian-pujian kepada Allah serta selawat kepada Nabi, juga pengantar mushanif mengenai tujuan penulisan kitab, harapan serta permintaan maaf jikalau nantinya ditemukan kesalahan dan kelalaian. Hal ini mencerminkan sikap tawadhu yang menjadi ciri khas para ulama mutaqadimin agar mendapat berkah dan rida Allah ketika menulis kitab. Di sini pula mushanif memohon kepada Allah agar kelak kitab ini menjadi kebermanfaatan untuk mushanif sendiri ataupun bagi sesame dalam artian masyarakat umum.
Tak jauh berbeda dengan kitab Hidayatus Shibyan, bab berikutnya membahas hukum-hukum bacaan yang ada di Al-Qur’an. Bab satu membahas tentang hukum bacaan nun mati dan tanwin yang terdiri dari idhar, idgham bighunnah, idgham bilaghunnah, iqlab, dan ikhfa hakiki. Bab dua membahas hukum mim dan nun bertasydid serta mim mati yang dirincikan dalam ikhfa syafawi, idhar syafawi, dan idgham mitslain maal ghunnah. Bab tiga membahas pembagian idgham yang terdiri dari idgham mitsli shaghir dan mitsli kabir.
Bab selanjutnya membahas pengaruh lam fiil dan lam ta’rif terhadap bacaan idhar dan idhgam. Hal ini menyebabkan terbaginya hukum idgham syamsiah, idhar qamariah, idhar fi’li, dan idhar halqi. Bab setelahnya membahas huruf tafhim dan huruf qalqalah. Bab ini merupakan yang paling singkat sebab hanya menjabarkan dua bait saja. Namun tidak berarti bab ini sempit. Bab ini mudah dipahami karena pembahasan langsung pada konteks yang dituju. Bab terakhir membahas huruf mad dan pembagiannya. Di bagian ini mushanif membahas secara terperinci dari segi definisi maupun contoh-contohnya yang didasarkan pada nadham yang ada. Untuk menambah pemanahan, ditambahkan referensi lain dari para ulama ahli tajwid.
Kitab Syifaul Jinan usai ditulis pada 10 Syawal 1374 Hijriah seperti yang tertulis pada kalimat penutup kitab ini. Di bagian penutup, mushanif mencurahkan rasa syukur kepada Allah sebab berkat pertolongan dan rida-Nya dapat menuntaskan kitab Syifaul Jinan. Seperti di mukadimah, di akhir kitab, KH Ahmad Muthahar berharap karyanya dapat bermanfaat khususnya bagi santri dan murid madrasah yang ada di Indonesia.
Kitab ini memiliki keunggulan tersendiri, khususnya bagi masyarakat Jawa. Sebab menggunakan bahasa Arab Jawa (pegon). Sehingga, masyarakat awam dapat memahami kitab ini tanpa harus mempelajari bahasa Arab terlebih dahulu. Materi yang dibahas pun lengkap dari segi harfiah dan terminologi serta disertakan catatan kaki dan nukilan dari pada ulama ahli tajwid yang dijadikan referensi.
Di samping itu, disertakan tabel yang berisi ringkasan di tiap akhir bab guna memudahkan murid dalam memahami hukum bacaan yang baru saja dipelajari. Dengan begitu, kitab ini cukup untuk digunakan memperkaya khasanah keilmuan di Nusantara khususnya dan tidak ada salahnya untuk menyebarluaskan agar keberadaan kitab ini tetap lestari dan memberi kebermanfaatan untuk sesama insan serta mushonif kitab itu sendiri.