Untuk memastikan kedatangan santri ini mematuhi protokol kesehatan, proses masuknya ribuan santri ke lingkungan pesantren ini dikawal ketat oleh aparat kepolisian serta TNI. Tiap santri yang akan kembali ke pondok juga harus memenuhi persyaratan yang ditentukan pihak pondok. Misalnya, sebelum kembali ke pondok, tiap santri harus sudah melakukan isolasi mandiri di kediaman asal yang dibuktikan dengan keterangan dari RT/RW setempat. Selain itu, santri harus menunjukkan surat keterangan sehat dari dokter.
“Para santri juga tidak diperbolehkan menggunakan angkutan umum saat berangkat ke pondok. Kedatangan mereka dikoordinir oleh Himpunan Alumni Santri Lirboyo (HIMASAL) di daerah asal masing-masing,” kata KH Abdul Muid Shohib.
Saat sudah berada di dalam lingkungan pondok, para santri juga belum diperbolehkan melakukan kegiatan belajar mengajar. Mereka masih harus mengikuti karantina 14 hari. Selama masa karantina, kegiatan santri akan diatur panitia yang dibentuk pondok. Selama karantina juga akan dilakukan tes kesehatan dan pemberian suplemen setiap hari. Setelah masa karantina selesai dan santri dinyatakan sehat, barulah bisa mengikuti kegiatan belajar mengajar secara normal.