M Tholhah Hasan mensinyalir, pesantren hanya menerapkan kajiannya pada ilmu-ilmu terapan seperti fikih, tasawuf dan ilmu alat; terutama nahu-saraf (M Thalhah Hasan; 1989). Pesantren tidak mengajarkan pemahaman keislaman yang radikal, tetapi Islam yang kultural. Hal inilah yang menyebabkan pesantren bisa diterima oleh masyarakat karena dianggap lebih toleran dan fleksibel, mengerti perasaan dan jiwa masyarakat.
Bukti pemahaman keislaman pesantren yang toleran, inklusif, dan tidak radikal tercermin dalam penerapan kaidah fikih digunakan, seperti almukhafadzatu ‘ala qadiimisshalih wal akhdzu bi jadiidil ashlah (menjaga nilai lama yang baik dan mengambil nilai baru yang lebih baik). Kaidah ini mencerminkan adanya toleransi kalangan pesantren terhadap nilai-nilai dan tradisi yang ada baik lokal maupun universal. Dengan demikian, pada dasarnya pesantren tidak mudah terjebak dalam sikap puritan dan simbolik.
Kaidah lain misalnya, khud ma sofa wa da’ ma kadar (ambil yang jernih dan buang yang keruh). Kaidah ini mendidik masyarakat untuk tidak melihat jenis, golongan, dan asal-usul seseorang, tetapi harus melihat perilaku, moral, dan dampak yang ditimbulkannya. Siapa pun orang tersebut, dari mana pun asalnya suatu ajaran, kalau baik boleh diambil dan ditiru, demikian sebaliknya.
Pesantren juga menggunakan kaidah dar’ul mafasid muqaddamun ‘ala jalbil mashalih (mencegah kerusakan harus didahulukan daripada berniat kebaikan). Inilah beberapa prinsip yang dianut oleh kalangan pesantren dalam mensosialisasikan pemahaman keagamaan.
Dengan paham ini, pesantren terbukti dapat menjadi sumber kekuatan dalam melawan kolonialisme. Perlawanan terhadap kaum kolonial dilakukan dengan cara-cara cultural, yakni membangun counter culture yang efektif, menamakan kesadaran keislaman yang nasionalistik, dan sejenisnya. Perjuangan dengan cara-cara kekerasan dilakukan sebagai alternatif terakhir dengan pertimbangan yang matang, sebagaiamana terjadi pada peristiwa 10 Novemner 1945 yang terkenal dengan seruan Resolusi Jihad.
Transformasi Sosial
Pasca-kemerdekaan, pesantren berhadapan dengan arus modernisme. Akibatnya, terjadi perubahan format, bentuk, orientasi, dan metode pendidikan dalam dunia pesantren. Namun demikian, perubahan tersebut tidak sampai mengubah visi, misi, dan orientasi pesantren. Dapat dikatakan, perubahan tersebut hanya pada sisi luarnya saja, sementara itu pada sisi dalam, yaitu ruh, semangat, pemahaman keagamaan, nilai-nilai, tradisi, dan ideologi pesantren masih tetap dipertahankan.
Secara umum ada tiga pola sikap pesantren menghadapi arus modernism. Pertama, menolak secara total. Sikap ini dibuktikan dengan menutup diri secara total terhadap modernisme, baik pola pikir maupun sistem pendidikan dengan cara menjaga otentisitas tradisi dan nilai pesantren secara ketat, baik dalam bentuk simbol maupun substansi. Pola ini diterapkan oleh Pesantren Tegalrejo di Magelang, Mathaliul Falah di Kajen Pati, dan Pesantren Lirboyo Kediri. Pesantren-pesantren ini tidak memasukkan pelajaran umum dan tetap menggunakan pola bandongan, sorogan, dan wetonan dalam metode pendidikannya. Mereka juga menolak penerapan formalisme pesantren sebagaimana tercermin dalam SKB Tiga Menteri.
Kedua, menerima modernisme secara total, baik pemikiran, model, maupun referensinya. Pola ini tercermin dalam Pesantren Modern Darussalam Gontor-Ponorogo, Pesantren Pabelan Magelang, dan sejenisnya. Di sini tidak saja diajarkan nilai-nilai agama dengan referensi kitab klasik, tetapi juga diajarkan pengetahuan umum. Kurikulum yang digunakan juga kurikulum umum, tidak lagi kurikulum pesantren yang menggunakan kitab mu’tabar.
Ketiga, ini yang mayoritas, menerima modernisme secara selektif. Pada pola ini ada proses kreatif dari kalangan pesantren dalam menerima modernisme, yaitu menerima sebagian modernisme kemudian dipadu dengan tradisi pesantren. Pola ini terlihat dalam mayoritas pesantren NU di Jombang, Krapyak, Yogyakarta, dan beberapa pesantren lainnya. Pada pola ini, pesantren menerapkan metode modern dalam sistem pengajaran, memasukkan referensi-referensi pengetahuan umum dalam pendidikan, namun kitab-kitab klasik dengan pola pengajaran ala pesantren tetap diterapkan..