Di samping ketiga pola tersebut, sejalan dengan meningkatnya intensitas interaksi sosial para tokoh dan pemimpin gerakan Islam, pada dekade 1990-an muncul pesantren-pesantren baru yang dipimpin oleh oleh orang-orang yang memiliki jaringan dengan beberapa gerakan Islam internasional. Pesantren jenis ini terbentuk tidak berdasarkan pada kohesivitas sosial masyarakat tempat berdirinya pesantren tersebut, tetapi lebih pada jaringan yang dibangun oleh pendirinya. Pesantren ini biasanya lebih tertutup dengan masyarakat sekitar, pemahaman keagamaannya lebih eksklusif, tidak pernah melibatkan masyarakat sekitar dalam aktivitasnya. Akibatnya, sering terjadi konflik antara masyarakat dengan pesantren jenis ini, karena adanya kesenjangan sosial dan ideologis antara pesantren dan masyarakat.
Sikap Kritis Pesantren
Paparan tersebut menunjukkan telah terjadi pluralisme dalam dunia pesantren. Pesantren tidak lagi mencerminkan realitas tunggal sebagaimana pada era kolonial. Telah terjadi perubahan nilai, pola, pemahaman, dan ideologi dalam dunia pesantren. Pesantren tidak lagi merupakan lembaga pendidikan agama yang mengajarkan kesantunan beragama, semangat toleransi, dan berbasis pada realitas sosial masyarakat.
Secara faktual, ada pesantren yang tidak memiliki keterkaitan dengan masyarakat lokal, tidak berinteraksi dengan realitas sosial di sekitarnya, tetapi lebih berorientasi pada jaringan sosial mereka yang berada di luar masyarakat sekitar.
Kenyataan inilah yang perlu diperhatikan oleh para pengamat, analis, dan akademisi maupun para pengasuh pondok pesantren. Karena wajah pesantren tidak lagi tunggal dan homogen, maka sulit untuk membuat stigma tunggal terhadap pesantren. Artinya, bukan tidak mungkin ada salah satu pesantren yang menjadi sarang teroris, karena adanya jaringan, kesamaan pemahaman, dan pendekatan agama anatara pesentran tersebut dengan kelompok. Namun, hal ini bukan berarti semua pesantren menjadi sarang teroris, karena kenyataannya masih banyak pesantren yang dengan susah payah melakukan sosialisasi nilai-nilai agama yang toleran dan inklusif, meski dengan cara-cara yang tradisional. Dengana demikian, kita tidak bisa mengeneralisasi pesantren sebagai sarang teroris, dan sebaliknya mengeneralisasi pesantren sebagai subkultur yang mensosialisasikan Islam toleran dan tradisional.
Menghadapi situasi yang demikian, diperlukan kearifan dan kekritisan dalam menyikapi sebuah realitas. Pesantren tidak perlu menepis isu keterkaitan teoris dengan dunia pesantren dengan cara menutup diri terhadap segala upaya penyelidikan dan tindakan hukum terhadap para pelaku tindak kekerasan.
Sikap seperti ini sama artinya dengan memperkuat tuduhan pesantren sebagai sarang teroris. Yang perlu dilakukan oleh para pemimpin pesantren saat ini adalah melakukan klarifikasi secara intensif terhadap masyarakat bahwa pesantren mereka tidak memiliki keterkaitan dengan ideologi kekerasan, kemudian bertindak aktif melawan segala bentuk kekerasan.
Dengan demikian masyarakat akan tahu pesantren mana yang memiliki ideologi Islam radikal dengan pendekatan kekerasan dan pesantren mana yang memiliki idieologi Islam dengan pendekatan kultural-substansial yang lebih toleran dan inklusif.
Bagi pesantren yang memiliki karakteristik dan ideologi sebagaimana tersebut terakhir, rasanya tidak perlu risau dan tersinggung dengan berbagai tudingan teroris dan radikal karena sejatinya mereka bukan bagian dari gerakan radikal yang menggunakan cara kekerasan untuk mensosialisasikan gagasan.
Sikap menolak isu terorisme dalam pesantren secara emosional dan berlebihan akan menguntungkan terorisme itu sendiri, karena mereka akan merasa aman berlindung di balik pesantren, di samping itu juga akan lebih memperkokoh tudingan orang adanya keterkaitan pesantren dengan terorisme. Sebaliknya, sikap terbuka terhadap upaya hukum dalam pemberantasan teroris akan mempersempit ruang sembunyi kelompok radikal dan mempertebal keyakinan masyarakat bahwa pesantren bukan sarang teroris, tetapi lembaga pendidikan agama yang berbasis pada kekuatan tradisi dan masyarakat.