Kontribusi dayah dalam memadukan kedua bentuk institusi pendidikan itu melahirkan sistem pendidikan Islam yang komprehensif, tidak saja hanya menekankanpenguasaan terhadap khazanah keilmuan Islam klasik tetapi juga mempunyai integritas keilmuan.
Lembaga pendidikan seperti ini, dalam arti yang sederhana, telah terwakilkan oleh lembaga dayah. Karena pada dayah ini para santri tidak hanya diproyeksikan mampu menguasai Arab klasik, tetapi juga bahasa Inggris yang dibutuhkan dalam mencari ilmu untuk masa sekarang. Dan kurikulum dayah menghadirkan perpaduan yang liberal, yakni tradisi belajar klasik dengan gaya Barat yang diwujudkan secara baik dalam sistem pengajaran maupun mata pelajarannya.
Namun demikian, dayah harus terus berbenah diri serta inovatif dalam mengembangkan sistem pendidikan dan pengajarannya, agar dapat bersaing di era global ini dengan lembaga pendidikan lainnya dalam menghasilkan lulusan yang bermutu. Selain itu juga karena dayah mempunyai tugas yang lebih berat dibandingkan dengan lembaga pendidikan lain. Sebab, dayah dituntut bukan hanya menghasilkan lulusan yang berkompeten di bidang IPTEK, namun juga mempunyai IMTAQ yang berkualitas serta berkarakter, juga mampu menjawab beragam tantangan zaman.
Salah satu fenomena mendasar yang terjadi hampir merata di dunia pendidikan kaum muslim kontemporer adalah terpisahnya lembaga-lembaga pendidikan yang memiliki konsentrasi dan orientasi yang berbeda. Ada lembaga yang menitikberatkan orientasinya pada ilmu-ilmu umum dan di sisi lain ada lembaga yang hanya memfokuskan diri pada ‚ilmu-ilmu tradisional.
Realitas ini lebih dikenal dengan dualisme pendidikan. Pendidikan dalam pondok pesantren pada prinsipnya menghilangkan dualisme pendidikan tersebut. Kedua bentuk lembaga ini sama-sama memiliki sisi positif yang patut dikembangkan dan juga mempunyai kelemahan yang sama sekali harus dibuang dan ditinggalkan. Usaha tertuju pada upaya untuk mengkompromikan kedua lembaga ini dengan memadukan sisi baik antara keduanya, sehingga pada gilirannya akan melahirkan sistem pendidikan yang ideal. Sistem pendidikan seperti ini disebut dengan sistem pendidikan Indonesia menuju ke arah titik temu atau konvergensi. Usaha ini berawal pada perpaduan unsur-unsur keilmuan.
Sejarah pendidikan Islam telah menunjukkan bahwa keseimbangan antara ilmu-ilmu agama dan ilmu-ilmu dunia terdapat pada masa kejayaan dan kegemilangan Islam itu. Seperti diungkap oleh Hasan Langgulung, pakar pendidikan, keseimbangan ini tidaklah hilang kecuali pada zaman kelemahan.