Tanggal 8-9 Maret 1989, Gus Dur diadili kiai-kiai di Pesantren Darut Tauhid Arjawinangun, Cirebon, karena pandangan dan pemikirannya yang kontroversial. Hadir dalam pertemuan tersebut 200 kiai yang siap “mengadili” Gus Dur, di antaranya KH Fuad Hasyim, KH Ayip Usman Yahya, Kiai Ibnu Ubaidillah, dan Kiai Chozin Nasuha.
“Pengadilan” ini terjadi karena beberapa pernyataan dan tindakan Gus Dur yang kontroversial. Di antaranya, ucapan Asalamualaikum dapat diganti dengan selamat pagi, selamat siang, atau selamat malam. Selain itu, juga saat Gus Dur membuka acara malam puisi Yesus Kristus dan menyandingkan konsep rukun iman dan rukun Islam.
Atas pernyataan dan gagasan tersebut, Gus Dur dianggap melecehkan Islam, mau mengganti syariat Islam, bahkan ada yang menuduh Gus Dur sudah keluar dari Islam (murtad). Pernyataan Gus Dur tersebut dipandang sangat membahayakan Islam karena dapat menjadi sumber pemurtadan, sehingga mendapat ancaman hukuman yang tidak man-main.
Tuduhan lain yang tidak kalah serem adalah, Gus Dur dianggap telah mencoreng organisasi Nahdlatul Ulama (NU) dan menurunkan wibawa ulama karena menjadi Ketua Dewan Kesenian Jakarta (DKJ). Perilaku Gus dur ini dianggap menjadi bahan cemooh dan caci maki yang menimbulkan stigma buruk pada ulama/kiai dan organisasi NU.
Karena tindakannya tersebut, ada seorang ulama yang menyebut Gus Dur sebagai “kiai ketoprak”, sehingga tidak layak lagi menjadi Ketua Umum Pengurus Besar Nahdlatul Ulama (PBNU). Ibarat imam yang sudah ketut, batal wudhunya, maka tidak sah lagi menjadi imam. Dia harus mundur atau dimundurkan. Demikian pernyataan salah seorang kiai pada waktu itu.
Peristiwa “pengadilan” yang sebenarnya lebih merupakan tindakan tabayun ini dilakukan secara terbuka, sehingga yang terjadi adalah dialog akademik dan intelektual yang mencerahkan. Para kiai mempertanyakan dasar argumen kenapa Gus Dur melakukan itu semua, baik argumen fikih, tafsir, sosial politik, maupun kultural.
Gus Dur menjawab semua pertanyaan tersebut, dengan menjelaskan dalil aqli dan naqli-nya, mengutip beberapa kaidah fikih dan ushul fikih, memaparkan berbagai kondisi sosio-kultural yang menjadi latar belakang, dan dasar sosiologis pernyataan tersebut. Para kiai yang tidak puas atau tidak setuju atas penjelasan Gus Dur diberi kesempatan untuk mendalami argumentasi melalui tanggapan balik yang lebih tajam dan menantang (chalanging).