Pesantren merupakan lembaga pendidikan yang tidak saja mengembangkan aspek kognitif (intelektual), tetapi juga akhlak, moral, dan spiritual para santri. Pengembangan aspek kognitif di pesantren dilakukan melalui ilmu-ilmu pengetahuan dan science yang rasional, ilmiah, dan akademik. Pembentukan akhlak dan moral dilakukan melalui penanaman nilai-nilai agama melalui laku hidup yang praktis dan konkret. Artinya, agama dalam pendidikan pesantren tidak sekadar menjadi pengetahuan yang hanya diajarkan sebagaimana mengajarkan ilmu pengetahuan science. Pendidikan akhlak dan moral di pesantren dipraktikkan melalui laku ibadah formal sehari-hari, hubungan kiai dan santri, adab menuntut ilmu, dan etika bermasyarakat semua dipraktikkan langsung di pesantren.
Pendidikan spiritual dilakukan melalui berbagai laku riyadhoh, yaitu olah batin spiritual melalui berbagai ritual. Riyadhoh ini menjadi tradisi pesantren. Hampir semua santri yang belajar di pesantren pernah melaksanakan laku riyadhoh. Ritual laku riyadhoh biasanya berbentuk puasa, makan hanya makanan tertentu, membawa wirid dalam jumlah dan waktu tertentu, serta salat-salat sunah tertentu.
Dalam tradisi pesantren, riyadhoh memiliki metode dan prosedur baku sesuai dengan hajat dan ilmu yang ingin dicapai. Misalnya, jika santri ingin cepat menghafal dan mudah menerima ilmu, maka dia harus membaca ayat tertentu dari al-Quran, membaca al-Fatihah, dan puasa selama sekian hari. Ayat yang didzikirkarkan, jumlah puasa dan rakaat salat yang dilakukan, bisa berbeda untuk hajat yang berbeda. Selain tergantung jenis hajatnya, riyadhoh juga tergantung tingkatannya. Pada tingkat tendah, maka riyadhoh dilakukan secara ringan. Semakin tinggi, maka riyadhoh akan semakin berat.
Tradisi riyadhoh ini sebenarnya bersumber dari laku Nabi Muhammad, yaitu ketika Nabi Muhammad melakukan uzlah (pengasingan diri) di gua Hira yang ada di puncak Jabal Nur. Di tempat ini Nabi melakukan laku spiritual, olah batin penyucian diri sampai mendapat wahyu pertama. Selain Jabal Nur, Nabi juga pernah riyadhoh di Jabal Tsur. Selain untuk sembunyi dari kejaran kaum Jahiliyah, di gua yang ada di Jabal Tsur ini Nabi juga melakukan riyadhoh, munajad kepada Allah.