Untuk itu, di Pesantren Annuqayah dibuat laboratorium pengelolaan sampah dengan membentuk Unit Pelaksana Teknis (UPT) Jatian. Bahkan, penerapannya diresmikan langsung oleh Wakil Presiden KH Ma’ruf Amin pada 9 Agustus 2023. UPT Jatian ini secara khusus bertugas mengatasi masalah limbah sampah dengan menggunakan tiga metode yang dikenal sebagai 3R, yaitu Reduce, Reuse, dan Recycle.
Reduce adalah metode untuk mengurangi segala sesuatu yang mangakibatkan atau memunculkan sampah. Dalam metode reduce ini, UPT Jatian melakukan sosialisasi kepada seluruh santri agar tidak menggunakan bahan plastik sekali pakai atau yang tidak dapat didaur ulang, seperti plastik kresek dan kertas minyak.
Salah satu caranya, misalnya, ketika santri hendak membeli nasi yang dibungkus harus menggunakan wadah nasi yang bisa dipakai berkali-kali. Selain itu, di setiap depan kantor, kamar, perpustakaan, masjid, dan unit lainnya diharuskan ada empat tong sampah yang berukuran sedang dengan lebel pada setiap tong berbeda, seperti organik, anorganik, kertas, dan residu. Tujuannga agar santri tidak membuang sampah sembarangan.
Sementara itu, metode reuse adalah penggunaan atau pemanfaatan kembali sampah yang masih bisa berfungsi. Dalam metode ini, ada santri yang ditugaskan untuk membantu mengumpulkan sampah pada waktu pagi atau sore.
Bahkan, untuk itu di pesantren ini dibentuk Pemulung Sampah Gaul (PSG) yang bertugas mengumpulkan sampah dengan menggunakan grobak yang berisi empat tong sampah besar. Masing-masing tong kegunaannya berbeda sesuai klasifikasi sampah, yaitu organik, anorganik, kertas, dan residu.
Proses ini dinamakan pemilahan. Sampah organik adalah sampah yang mudah busuk, seperti sisa makanan, daun-daunan, dan ranting pohon. Sampah anorganik adalah sampah lebih sulit terurai, seperti plastik, kaleng, dan styrofoam. Sampah kertas adalah sampah berbahan kertas. UPT Jatian memilah kertas agar bisa dijual kembali. Sampah residu adalah sampah di luar keempat jenis sampah di atas, seperti pembalut, kain, dan semacamnya.