Namun, seiring perjalanan waktu, sistem pendidikannya terus dikembangkan sesuai dengan perkembangan zaman. Gedung-gedung baru mulai dibangun karena santri semakin banyak. Sistem pendidikan modern pun mulai diadopsi. Kini ada pendidikan umum di Pesantren Ashhabul Yamin, yaitu Madrasah Tsanawiyah Madrasah Aliyah. Inilah jalan Buya Zamzami mewujudkan mimpi untuk memajukan masyarakatnya.
