Di Pondok Pesantren Nurul Hasanah ini, biasanya, setelah ngaji untuk pemaknaan secara harfiah, bisa dilanjutkan dengan pengkajian khusus serta diskusi, sehingga para santri memiliki kompetensi di bidang pengetahuan agama Islam. Namun, metode pengajian khusus itu dilakukan setelah kiai menyampaikan kajian kitab kuning kepada santri atau peserta didiknya.
Kitab yang dikaji di pondok ini meliputi ilmu fikih, akidah, tasawuf, ibadah, muamalah, dan tafsir al-Quran, seperti Kitab Fathul Muin, tasawuf Kitab Nasuhaibad, tafsir Kitab Jalalain, dan ilmu kalimat bahasa Arab Kitab Alfiyah dan Nahwu.
