Secara historis, penyebaran Islam ke berbagai daerah di Nusantara dijelaskan dengan beberapa teori yang didukung oleh masuskrip-manuskrip keislaman.
Para ahli menyebutkan ada sejumlah teori mengenai masuknya Islam ke wilayah Nusantara. Secara umum, dalam buku berjudul Islam, Politik, dan Demokrasi di Indonesia yang ditulis oleh Ahmad Syafii Maarif, dinyatakan bahwa teori masuknya Islam di Indonesia antara lain adalah Teori Gujarat, Teori Persia, dan Teori Arabia. Namun, ada juga literatur sejarah yang menyatakan terdapat empat teori, yakni ditambah Teori Cina.
Berdasarkan teori-teori tersebut, penyebaran Islam bisa melalui jalur perdagangan, tasawuf, perkawinan, pendidikan, kesenian, dan politik. Karena itu, penyebaran Islam di Indonesia menunjukkan karakter dan relasi yang bersifat mutual-akomodatif antara ajaran Islam dan kearifan lokal (local wisdom).
Memotret fakta sejarah tentang Islam, dalam buku The History of Islam in Indonesia: Kontribusi Ulama Membangun Peradaban dan Pemikiran Islam di Indonesia karya dari Dzulkifli Hadi Imawan, dijelaskan bahwa dalam memahami dan mendalami Islam, perlu dibedakan antara ideal Islam dan real Islam (Islam Ideal dan Islam Realita).
Dalam suatu perspektif dapat dikemukakan bahwa Islam ideal itu adalah Islam yang seharusnya, sebagaimana termaktub dalam kitab suci Al-Qur’an.
Akan tetapi, Islam ideal belum tentu dapat diwujudkan dalam realitas sejarah umat Islam. Sedangkan, historical Islam (Islam yang sudah menjadi sejarah atau menyejarah) belum tentu selalu bertitik-tolak dari Islam yang ideal.
Dengan demikian, untuk memahami kenyataan perlu dibedakan antara ajaran Islam auntentik dengan fenomena ketika ajaran tersebut bertransformasi secara dinamis dalam sebuah tatanan kultural masyarakat. Di samping itu juga perlu dipadu-padankan dengan konteks sosio-historisnya.
Islam di Indonesia mengalami akulturasi atau penyebaran ajaran tanpa menghilangkan budaya asli yang ada. Sehingga pendeklarasian suatu identitas khas yang kemudian disebut Islam Ke-Indonesia-an atau Islam Nusantara menarik untuk dieksplorasi secara mendalam terhadap dua realitas, yakni: realitas kebudayaan Indonesia dan realitas Islam itu sendiri.