Sosok KH Husein Muhammad dikenal sebagai sedikit dari ulama Indonesia berpikiran modern-progresif. Tak jarang pikiran-pikirannya mengundang kontroversi. Salah satunya karena kegigihannya mendobrak dogma-dogma agama yang diskriminatif. Siapa sesunggugnya KH Husein Muhammad?
Kiai Husein, demikian sapaan akrabnya, berasal dari tradisi pesantren. Dilahirkan di Cirebon, Jawa Barat, pada 9 Mei 1953, sejak kecil Kiai Husein belajar agama kepada kakeknya sendiri, yaitu Kiai Syathori. Kiai Syathori adalah pendiri Pondok Pesantren Dar at Tauhid Arjawinangun, Cirebon.
Meskipun lahir dan dididik di lingkungan keluarga agamis dan berbasis pesantren, Kiai Husein seperti halnya anak-anak di usianya, masih mengenyam pendidikan formal di SD, kemudian melanjutkan di SMPN 1 Arjawinangun.
Setelah lulus Kiai Husein melanjutkan pendidikannya di Pondok Pesantren Lirboyo, Kediri, Jawa Timur dari tahun 1969 sampai 1973. Di sini Kiai Husein mendalami ilmu-ilmu agama dan kitab-kitab kuning klasik. Kemudian Kiai Husein memperdalam ilmu Al-Quran di Perguruan Tinggi Ilmu al-Qur’an (PTIQ) di Jakarta selama lima tahun.