Dalam perkembangannya, sosok KH Husein Muhammad merefleksikan pemikiran keagamaan klasik yang memberikan tafsir baru terhadap wacana keagamaan dan gender. Menurut Nuruzzaman dalam bukunya Kiai Husein Membela Perempuan, yang menarik dari pemikiran KH Husein Muhammad adalah kepekaannya terhadap isu-isu hak asasi manusia (HAM) dan demokrasi yang selalu ia sandarkan dengan ajaran agama Islam, terutama tradisi keilmuan klasik. Hal ini dibuktikan dengan ungkapannya tentang masih banyaknya masyarakat yang tidak mau menggali secara mendalam khazanah keilmuan Islam. Padahal, dalam kitab-kitab klasik banyak sekali argumentasi, misalnya tentang penghargaan terhadap sesama manusia, penghargaan terhadap perbedaan dan menjunjung tinggi hak-hak orang lain.
Rupanya, prinsip Islam rahmatan lii al-’alamin yang mendorong KH Husein Muhammad terus menelaah dan menggali khazanah Islam serta tafsir agama dan kitab-kitab klasik. Atas aktivitas dan dedikasinya itu, Kiai Husein pernah menerima penghargaan dari pemerintah Amerika Serikat untuk Heroes to End Modern-Day Slavery.
Selain itu, nama KH Husein Muhammad juga tercatat dalam The 500 Most Influental Muslim yang diterbitkan oleh The Royal Islamic Strategic Studies Center pada tahun 2010-2012.
Untuk menebarkan pandangan dan pemikirannya, KH Husein Muhammad aktif menulis beberapa karya yang berkaitan pembelaan perempuan sebagai perjuangannya di tataran wacana. Kiai Husein juga menulis puluhan karya lain tentang wacana-wacana yang sedang ramai didiskusikan, mulai dari HAM, demokrasi, pluralisme, gender, hingga pemikiran tasawuf.