Setelah lulus dari PTIQ, pada tahun 1980, Kiai Husein melanjutkan pendidikannya untuk mendalami telaah tafsir ilmu Al-Quran di Universitas Al-Azhar, Mesir. Di sana, Kiai Husein belajar banyak dengan sejumlah syeikh di Majma’ al-Buhuts al-Islamiyyah yang dimiliki oleh Universitas Al-Azhar.
Secara formal, di institusi ini KH Husein Muhammad berkenalan dengan pemikiran-pemikiran Islam modern yang dikembangkan oleh Muhammad Abduh, Ali Abdur Raziq, Muhammad Iqbal, dan lainnya. Kiai Husein juga berkenalan dengan pemikiran-pemikiran Barat seperti Sartre, Goethe, dan lainnya.
Setiba di Tanah Air, Kiai Husein memutuskan meneruskan perjuangan kakeknya untuk mengembangkan Pondok Pesantren Dar al-Tauhid. Untuk itu, Kiai Husein terbilang memiliki bekal keilmuan yang cukup dari pengalamannya belajar di Pondok Pesantren Lirboyo, PTIQ Jakarta, sampai di Al-Azhar.
Dengan latar pendidikan seperti itu, di sela kesibukannya mengembangkan pesantren yang diasuhnya, Kiai Husein juga aktif menyuarakan kepentingan masyarakat yang tertindas oleh suatu sistem yang tidak adil. Ia meyakini bahwa tujuan agama adalah memberikan rahmat bagi seluruh alam tanpa ada unsur diskriminasi atas yang lain.