Dari sana, Kiai Anies melanjutkan ke Kebumen. Di Desa Lirap teredapat Asrama Perguruan Nahwu Sorof (APSN). Waktu itu pengasuhnya masih KH Durmuji Ibrahim. Kiai Anies mukim di sini kurang lebih selama tiga tahun dan disuruh untuk mengajar selama satu tahun. Praktis, Kiai Anies mukim di pondok ini selama 4 tahun.
Selama proses mencari ilmu itu, keistimewan Kiai Anies mampu khatam meghafal dan memahami kitab Jurumiyyah, Imriti, Alfiyah, dan maksud semuanya disertai lafaz dan maknanya selama kurang lebih 2 tahun 6 bulan.

Dari Kebumen, Kiai Anies tabarukan lagi di Desa esa Narukan, Kabupaten Rembang, tempatnya Mbah Kiai Khumaidi dan Mbah Kiai Nur Salim (ayah dari Gus Baha). Pada saat ini, Kiai Anies sempat mengaji kepada Mbah Kiai Maimoen Zubair di pondok Pesantren Al Anwar Rembang.
Tabarukan di Rembang berlangsung selama satu tahun. alAkan tetapi, Kiai Anies menjalaninya dengan model pulang pergi. Maksudnya, setiap khataman kitab, Kiai Anies pergi ke pondok tersebut dan setiap ada panggilan untuk mengaji.
Selama tabarukan Rembang, Kiai Anies khatam kitab Shahih Bukhari dan kitab besar lainnya. Perlu diketahui, Mbah Kiai Zainudin Mojosari, Nganjuk, juga temasuk guru dari Kiai Anies Al Affad walaupun hanya bersifat tabarukan dan berguru.
Pengabdian dan Warisan
Kiai Anies Al Afad merupakan pengasuh keenam PP Syarifatul ‘Ulum Katerban, meneruskan tugas yang diemban kakaknya. Selama menjadi pengasuh, Kiai Anies dikenal sebagai sosok yang sangat memperhatikan dan menegaskan kepada para santrinya supaya aktif pada saat mengaji dan salat berjamaah. Berbagai upaya dilakukan agar santri menajalani semua itu, mulai dari pengenalan teori hingga membiasakan dengan praktik.

Sepulang dari perjalanan untuk menempuh ilmu agama, Kiai Anies mengabdikan dirinya kepada masyarakat serta mengasuh Pondok Pesantren Syarifatul ’Ulum. Masyarakat pada saat itu masih minim penguasaan ilmu agama, sehingga Kiai Anies harus berperan sebagai tokoh agama di masyarakatnya. Berbagai kegiatan yang digagas Kiai Anies, mulai dari mengaji, gotong royong, serta membuat banyak acara yang menghadirkan masyarakat.
Perjuangan Kiai Anies untuk mengarahkan masyarakat ke jalan syariat agama menggunakan macam-macam literatur kitab. Ada kitab Ngidotun Nasi’in, Irsyadul ’Ibad, Kifayatul Atqiya, dan banyak lagi. Kegiatan mengaji tersebut dilakukan setiap satu miunggu sekali, yaitu pada Rabu malam dan Sabtu malam. Selain itu, tiap Selasa malam diadakan rutinitas salat taubat, dilanjutkan dengan tawasul terhadap sesepuh beserta gurunya.
Akhirnya, tiap malam Jumat masyrakat sering mengadakan aktivitas membaca surat Yasin, Tahlil, dan dilanjutkan berdoa bersama. Pada saat itu Kiai Anies merupakan sosok yang dibutuhkan masyarakat untuk memimpin kegiatan-kegiatan keagamaan. Kegiatan-kegiatan keagamaan tersebut akhirnya menjadi tradisi yang tidak bisa ditinggalkan.

