Pola pengajaran tradisional yang ada di pesantren salaf seperti kajian kitab kuning beliau tidak segan untuk selalu memperkenankan atau dipadukan dengan khazanah modern. Sampai akhirnya, puncak kerja keras beliau KH Mukhlis Sufyan membawakan hasil yang tak sia-sia, karena di tahun 2012 Pesantren Pembangunan Miftahul Huda Cigaru 1 Majenang mendapat sertifikat ISO 900:2008. Dan ini merupakan kabar baik yang membanggakan, karena Pesantren Cigaru menjadi Ponpes Salafiyah pertama di Indonesia yang mendapat pengakuan internasional.
Menurut KH Mukhlis Sufyan, proses mendapat sertifikat ISO ini tidaklah begitu mudah seperti membalikkan telapak tangan. Memerlukan waktu yang cukup panjang, sekitar dua tahun yang dilakukan oleh oleh Mutu Certification International, yaitu sebuah lembaga sertifikasi internasional untuk melakukan pengecekan bagaimana sistem manajemen pendidikan di pesantren tersebut.
Artinya dengan mendapatkan sertifikat ISO ini, KH Mukhlis Sufyan bisa membuktikan bahwa pesantren salaf pun mampu mengelola pesantrennya dengan cara yang baik, kalau dikelola dengan sentuhan baru (modernisasi) namun tidak meninggalkan pola lama (tradisional) yang masih bermanfaat.