Saat sudah mondok selama enam tahun di Tebuireng, sang ayah hendak memanggil Kiai Syafaat pulang. Jika Kiai Syafaat sudah pulang, giliran adiknya yang akan dikirim ke Tebuireng. Begitulah keinginan Abdul Ghafur, agar anak-anaknya bisa nyantri bergantian. Namun, merasa ilmunya belum cukup, Kiai Syafaat tak ingin pulang. Ia malah pergi ke Blokagung, Banyuwangi, Jawa Timur, dan tinggal di rumah kakak perempuannya. Tujuannya, agar masih bisa belajar di tempat lain.
Niatan itu akhirnya terkabul juga. Sekitar 1934, Kiai Syafaat mulai mondok di Pesantren Paras Gempal, berguru kepada KH Abdul Manan. Di pesantren ini Kiai Syafaat mulai sakit-sakitan. Dua tahun kemudian ia pindak mondok di Pesantren Tatsmirith Tholabah di Jalen Genteng, di Banyuwangi bagian selatan. Saat itu, Pondok Jalen ini diasuk Kiai Ibrahim, yang mengajari Kiai Syafaat kitab Ihya Ulumuddin karya Imam al-Ghazali.
Sayangnya, penyakit Kiai Syafaat tak kunjung sembuh. Sekujur tubuhnya diserang penyakit kudis (gudik). Karena itu ia sering menyendiri dan dijauhi teman-temannya yang takut ketularan kudis. Di saat yang sama, Kiai Syafaat sudah tidak pernah lagi dikirimi uang oleh orang tuanya. Kondidi itulah yang memaksa Kiai Syafaat menjadi santri kasab, santri yang untuk memenuhi kebutuhan hidupnya harus bekerja atau menjadi buruh pada masyarakat setempat. Beban yang ditanggung cukup berat, namun Kiai Syafaat tetap sabar dan tekun.
“Al-Ghazali” dari Jawa