Setelah dari Pondok Pesantren Jalen, Kiai Syafaat kembali pulang ke rumah kakak perempuannya di Blokagung. Saat itu, ia masih terus berusaha mengaji, kali ini kepada KH Abdul Hamid yang mengajar di Masjid Blokagung. Saat masih ngaji di Masjid Blokagung inilah Kiai Syafaat mulai diikuti anak-anak muda setempat untuk mengaji kepadanya. Karena itu, saat Kiai Syafaat hendak mondok lagi, kali ini ke Madura, masyarakat setempat berusaha mencegahnya. Atas pengaruh Kiai Sholehan, pengasuh Pondok Pesantren Gambiran yang juga dikenal sebagai wali, kepergian Kiai Syafaat dapat dicegah. Kiai Sholehan memintanya tetap bermukim di Blokagung, dan juga menikahkannya dengan Maryam. Dengan begitu, Kiai Syafaat akhirnya tetap tinggal di Blokagung.
Di atas sebidang tanah yang diwariskan oleh kakeknya, bersama-sama dengan masyarakat setempat, Kiai Syafaat membangun musala kecil yang diberi nama Musala Darussalam. Itu terjadi pada 15 Januari 1951 —yang kelak dicatat sebagai hari lahirnya Pondok Pesantren Darussalam Blokagung. Dari musala inilah Kiai Syafaat mulai mengajar ngaji, terutama kitab Ihya Ulumuddin yang jadi andalannya.
Bermula dari musala sederhana itu, Darussalam kemudian berkembang menjadi pondok pesantren besar dan sangat disegani. Ribuan santrinya datang dari berbagai penjuru Tanah Air. Lebih dikenal dengan nama Pondok Pesantren Blokagung, dipesantren ini juga telah dikembangkan berbagai pendidikan formal, mulai dari TK, SDI, SMP Plus, SMK, dan penguruan tinggi.
Namun, meskipun pondok yang dirintisnya berkembang pesat, Kiai Syafaat tak berubah. Tetap mengajari santrinya ngaji kitab Ihya Ulumuddin. Ibaratnya, tiap hari tiada ngaji tanpa Ihya Ulumuddin. Bahkan, Kiai Syafaat, berserta pondoknya, telah identik dengan magnum opus al-Ghazali tersebut. Tak hanya mengajari ngaji, Kiai Syafaat ternyata juga pengamal par excellence dari kitab Ihya Ulumuddin, terutama tasawuf yang diajarkan al-Ghazali. Karena itulah Kiai Syafaat dijuluki “al-Ghazali” dari Jawa.
Atas pencapaiannya itu, banyak kawan seangkatan atau seperjuangan yang bertanya kepadanya: apa rahasia santri yang “biasa-biasa” saja ini mampu mengembangkan pesantren hingga sebesar ini? Rupanya ada tiga rahasia Kiai Syafaat. Pertama ringan tangan, suka membantu siapa saja. Yang kedua, Kiai Syafaat tak pernah putus menghadiahi surat al-fatihah kepada semuanya gurunya, bahkan seribu kali dalam sehari. Ini bentuk hormat dan takdzim kepada guru. Dan, ketiga, Kiai Syafaat mengaku tidak pernah meninggalkan salat berjamaah.