Hal demikian sama dengan yang dialami oleh perguruan-perguruan tinggi di Eropa, selain berada di pusat-pusat kota juga berawal dari biara-biara yang berorientasi keagamaan; sebut saja dua di antaranya adalah Harvard, dan Oxford. Fakta sejarah bahwa Indonesia mengalami persimpangan dan mengalami periode kolonial lantas mengubah dan membentuk corak pesantren hari ini.
Terhitung hingga saat ini, saya menilai Martin van Bruinessen, Azyumardi Azra, dan Zamakhsyari Dhofier merupakan sarjana paling otoritatif dalam menulis khazanah keilmuan kitab kuning dan pesantren jika ditinjau dari sudut akademis. Sebagaimana disinggung di alinea awal, medium kitab kuning (kitab berwarna kuning) sebenarnya sudah digunakan di masa sebelum Islam. Kemudian saat Islam mulai memiliki pengaruh yang meluas beriring dengan terbentuknya jalur perdagangan, kitab kuning turut digunakan oleh para sarjana-sarjana Islam (ulama Nusantara) sebagai medium transmisi ilmu dan persebaran agama Islam.
Kemudian di abad-abad selanjutnya, kitab kuning digunakan secara resmi untuk bahan pengajaran di pesantren-pesantren. Martin van Bruinessen menyebut alasan pokok munculnya pesantren-pesantren ini selain sebagai transmisi ilmu, juga karena semakin menguatnya persebaran Islam di Nusantara.
Sebagaimana yang tertulis dalam kitab-kitab klasik pra-Islam, kitab kuning merupakan karya teks yang menggambarkan tingkat keterpelajaran (intelektual) seseorang. Maka demikian pula yang tergambar dalam kitab kuning di pesantren, keseluruhannya merupakan karya intelektual Islam; mulai dari etika, teologi, gramatika bahasa (nahu, saraf), amaliah praktis keseharian (fikih), mistisisme (tasawuf), dan lain sebagainya.
Kitab kuning menggunakan teks dan bahasa Arab, namun pengajaran dan pensyarahannya (komentar-ulang) menggunakan bahasa lokal. Di Nusantara, tradisi pensyarahan mengakar kuat di kalangan para ulama Melayu dan Jawa, kendati pun tradisi itu bermula dari ulama-ulama Islam abad pertengahan seperti halnya Imam Al-Ghazali.