Tradisi pengajaran dan pensyarahan menggunakan bahasa lokal di kalangan ulama Melayu dan Jawa dinilai unik; di samping melahirkan tradisi baru (arab pegon), juga karena Islam yang kemudian ditransmisikan ke dalam kitab kuning itu bisa menyentuh langsung pada basis masyarakat paling dasar. Maka pesantren yang merupakan basis pendidikan di masyarakat, turut bisa menerima dan menampung perubahan pada tingkat dasarnya pula.
Dengan demikian, bahasa dan aksara Arab-Islam itu kemudian tidak menjadi sesuatu yang asing lagi. Ia sudah ditradisikan ulang dan menjadi dinamika kebudayaan lokal baru yang kemudian melahirkan kebudayaan kosmopolis Arab di abad ke-14 hingga abad ke-16 Asia Tenggara.
Martin van Bruinessen menemukan beberapa fakta menarik bahwa kitab-kitab yang dipelajari di pesantren hari ini merupakan kitab yang dipelajari pada abad ke-16 hingga abad ke-19. Hal tersebut merujuk dan berdasar pada temuan naskah-naskah Melayu dan Jawa yang dibawa ke Eropa. Di antaranya; naskah-naskah Melayu terdiri dari tafsir dua bab penting dari Al-Qur’an, dua hikayat bertema Islam, kitab hukum pernikahan (dalam bahasa Arab dengan terjemah antarbaris), dan sebuah terjemahan syair dari puji-pujian terhadap Nabi (Qasidah Burdah-nya Al-Bushiri).
Kemudian dalam naskah-naskah Jawa, terdapat Wejangan Seh Bari, (sebelumnya dikenal sebagai Kitab Sunan Bonang), kemudian karya besar Imam Al-Ghazali Ihya Ulumuddin dan kitab Tahmid, ringkasan Minhaj Al-Abidin, Syarh fi Daqaiq (syarah kitab popular tentang kosmologi dan eskatologi), dan judul lain Al-Kanz Al-Khafi (harta tersembunyi), dan Ma’rifah Al-‘Alam (terbukanya tabir dunia).
Sebagai penutup, saya lantas sependapat dengan Gus Dur yang beberapa dekade lalu menggulirkan wacana pribumisasi Islam. Bagi saya, kitab kuning dan pesantren merupakan produk otentik dari wacana tersebut. Ia menjadi ciri periode kedua Islam di Nusantara, setelah periode peralihan (pertama) yang telah ditransformasikan oleh para wali sembilan (wali sanga). Maka periode kedua, saya menandai dengan munculnya para sarjana Islam (ulama/cendikia) yang terhubung dengan dunia Islam di Timur Tengah, sebagai diterangkan oleh Azyumardi Azra dalam karya disertasi yang ditulisnya.