Dalam sejarahnya, sepert halnya di Indonesia, selain sebagai tempat ibadah, masjid seringkali menjadi pusat penyebaran keilmuan dan gerakan perjuangan melawan penjajah. Masjid Kebondalem, misalnya. Masjid yang berada di Desa Argomulyo, Kecamatan Sedayu, Kabupaten Bantul, Yogjakarta ini keberadaannya menjadi saksi bisu bahwa masjid juga berfungsi sebagai pusat penyebaran keilmuan dan gerakan perjuangan melawan penjajah bagi masyarakat sekitarnya.
Dalam sejarah penyebaran Islam di Indonesia, Masjid Kebondalem tercatat sebagai salah satu masjid yang tertua di Nusantara. Masjid ini didirikan oleh Kiai Muhammad Shareh yang merupakan ulama atau ahli agama yang menyebarkan Islam di wilayah Sedayu. Masjid berdiri sejak abad ke-18 M.
Dalam sejarahnya, pada awalnya Masjid Kebondalem dibangun dengan berdinding bambu. Rupanya, pembangunan masjid ini sebagai salah satu ikhtiar perjuangan dari Kiai Shareh dalam menyebarkan ajaran Islam. Melalui Masjid Kebondalem ini, Kiai Shareh berhasil mengajak masyarakat setempat untuk untuk meramaikan masjid. Selain beribadah, juga belajar ilmu agama kepada Kiai Shareh.
Tapi perjuangan Kiai Shareh untuk menyebarkan Islam di Sedayu tidak mulus-mulus amat. Mungkin karena bangunannya hanya berdinding bambu, suatu hari masjid tersebut hangus terbakar. Tinggal puing dan abu. Menurut penuturan Nuryanto (Interview Nuryanto: 2023), kebakaran tersebut disulut jatuhnya lampu teplok (ublik), dana pi segera menjalar melahap bangunan masjid.
Kemudian, masjid tersebut dibangun kembali dengan bahan yang sama. Baru di masa putra Kiai Shareh, yaitu Kiai Khalifah, Masjid Kebondalem bisa dibangun kembali secara permanen dengan beton dan tembok. Menurut penuturan Bibit (Interview Bibit: 2023), Kiai Khalifah merupakan orang dekatnya Pangeran Diponegoro dan bergelar Pangeran Cokro Kertopati.
Sejak periode Kiai Khalifah memimpin Masjid Kebondalem, semakin banyak masyarakat yang datang dan berguru atau menimba ilmu kepada Kiai Khalifah. Masjid Kebondalem pun terus berkembang sampai menjadi pusat pendidikan dan pengaderan masyarakat untuk belajar agama. Pesatnya perkembangan Masjid Kebondalem menjadi pusat penyebaran ilmu agama dan pengaderan itu bersamaan dengan masa-masa peristiwa Perang Jawa (Perang Diponegoro).
Menurut tutur cerita dari keluarga, Kiai Khalifah pergi meninggalkan masjid ikut mengawal peperangan yang pimpin oleh Pangeran Diponegoro (Interview Ibnu Arofah: 2023). Dalam Jejaring Ulama Pangeran Diponegoro Abad XX (Bizawie, 2019), Kiai Khalifah memang memiliki jalur sanad perjuangan dalam Perang Diponegoro. Hal ini jika dilacak melalui silsilah nasab istri Kiai Khalifah ternyata memiliki jalur saudara dengan Pangeran Diponegoro sebagai cucu dari Sultan Yogjakarta II (HB II). Silsilah nasab ke atas dalam catatan keluarga menyebut, Nyai Khalifah ke Kiai Muhammad Ciluk Ponorogo ke Nyai Guru Pulosari ke RT Purwonegoro Sumenep ke Kanjeng Adipati Purwodiningrat Pacalan (Magetan) ke Kanjeng Sultan Yogjakarta II (HB II). Sedangkan, silsilah nasab dari Kiai Khalifah ke atas, yaitu Kiai Khalifah ke Kiai Muhammad Shareh Kebondalem ke Kiai Sahid Yogyakarta ke Kiai Imam Mursyid (Syekh Abdul Mursyid) bergelar Cokroaminoto Sendang Pitu, Kiyudan, Yogyakarta. Menurut cerita, Sultan Agung pernah berguru kepada Kiai Imam Mursyid ini.
Setelah kepergian Kiai Khalifah, masjid yang ditinggalkan tersebut tetap dirawat dan dijaga oleh keluarga dan masyarakat sekitar. Menurut cerita, ketika itu Kiai Khalifah pergi begitu saja, tanpa meninggalkan pesan hendak pergi ke mana dan untuk keperluan apa. Sembari menunggu berita keberadaan sang kiai, masyarakat Sedayu hanya berdoa untuk keselamatannya.