Sementara di program MBG, makanan sering kali diproduksi secara massal, ribuan porsi, lalu didistribusikan ke banyak lokasi. Perjalanan ini butuh waktu, kadang berjam-jam, dan di situlah makanan bisa cepat rusak—apalagi jika mengandung lauk berprotein tinggi seperti ayam atau telur. Inilah yang membuka peluang pertumbuhan bakteri berbahaya seperti Salmonella atau E coli, yang bisa memicu keracunan massal.
Selain itu, pengelola dapur pondok biasanya adalah bagian dari komunitas. Ada rasa tanggung jawab moral terhadap santri. Sedangkan, dalam MBG, banyak vendor katering yang berbeda-beda. Motivasi mereka bisa jadi bukan tanggung jawab sosial, tapi sekadar mengejar efisiensi biaya untuk mendulang keuntungan. Di titik inilah kualitas dan kebersihan sering dikorbankan.
Walaupun makanan di pesantren sederhana dan tampak tidak bergizi, bahkan kadang dianggap tidak higenis, jarang sekali terjadi kasus keracunan makanan sebagaimana MBG. Padahal jika dipikir-pikir tradisi pesantren ini sedah berjalan sejak puluhan tahun lamanya, sedangkan MBG yang baru beberapa bulan saja memakan banyak korban secara massal.