Pasca-Reformasi 1998, ketika kran demokrasi dibuka lebar-lebar, bermunculan varian kelompok-kelompok baru yang pada Orde Baru tidak ada. Kalaupun ada, belum banyak bermunculan di permukaan. Kelompok-kelompok tersebut mencakup berbagai sektor, dari keagamaan, kesenian, hingga kebudayaan.
Pada sektor keagamaan bermunculan variasi baru yang sebelumnya tidak begitu kentara muncul ke permukaan. Seperti, kelompok Islam yang mengusung prinsip Arabisasi, kelompok Islam Modernis, dan lain sebagainya. Juga bermunculan partai-partai baru yang turut mewarnai wacana politik di negeri ini.
Kemunculan kelompok-kelompok baru ini di satu sisi berdampak positif sebagai sehatnya iklim demokrasi di Indonesia. Di sisi yang lain, berdampak negatif dengan munculnya kelompok-kelompok yang condong pada gerakan radikalik. Yang mana gerakan seperti ini ada yang menghendaki negara ini menegakkan syariat Islam, mendirikan ‘Negara Islam Indonesia’, dan (atau) ‘Khalifayh Islamiyyah’.
Kelompok seperti ini ada yang muncul secara terang-terangan dan sembunyi-sembunyi. Untuk yang pertama sebut saja kelompok Laskar Jihad, Laskar Jundulloh, Front Pembela Islam (FPI), Majelis Mujahideen Indonesia (MMI), Hizbut Tahrir Indonesia (HTI), dan lain-lain. Sedangkan, yang kedua seperti Jemaah Islamiyah (JI) (Masdar Hilmy, 2015).
Kehadiran kelompok-kelompok seperti ini tidak lama berselang setelah runtuhnya Orde Baru. Mereka langsung melakukan aksi melalui berbagai peristiwa mengenaskan di Indonesia. Sebut saja Bom Bali (2002), Bom JW Marriot di Jakarta (2003), Bom Malam Natal di berbagai kota di Indonesia (2000), Bom Palopo (2004), dan lain sebagainya.
Hal ini menunjukkan bagaimana ketika kebebasan telah dibuka lebar pada era Reformasi, seringkali justru memberi ruang bagi benih-benih praktik terorisme. Namun, mereka memiliki hak hidup sebagai warga negara di Indonesia sekalipun mereka melakukan yang berkonotasi kontra pemerintahan (Beetham, 2004).
Perlu diketahui, di negara yang menganut demokrasi, kebebasan sipil akan menjadi hak istimewa bagi warganya. Artinya, hak bersuara, hak berserikat, hak beragama, dan lain sebagainya akan dijamin oleh negara sekalipun memusuhi negara (Amartya Sen, 1999). Berkebalikan dengan negara yang tidak menganut demokrasi, hak sipil warganya akan sangat dibatasi. Maka dari itu, munculnya kelompok-kelompok seperti yang disebut di atas merupkan sebuah implikasi dari sistem demokrasi.