Kenapa mereka mencalonkan dan mendukung Gus Dur? Mereka berpikir akan dengan mudah mengendalikan Gus Dur. Poros Tengah punya kepentingan membawa semangat sektarian Islam, yang sebagian faksi kecewa dengan dicopotnya Habibie sebagai presiden. Sebab, Habibie dianggap sebagai representasi Islam karena keterlibatannya sebagai Ketua Umum Ikatan Cendikiawan Muslim Indonesia (ICMI). Sementara, di mata Gus Dur, ICMI hanyalah akal-akalan Soeharto untuk memanipulasi sentimen agama demi kepentingan politiknya. Maka itu, ia menolak tegas ketika diminta jadi anggota ICMI. Ini berkaitan lagi dengan sikap Gus Dur yang oposan terhadap rezim Orde Baru. Ada yang berpendapat juga, pengusungan Gus Dur oleh Poros Tengah merupakan cara untuk menjaga keseimbangan kekuasaan antara kelompok Megawati dan kelompok Habibie.
Awal penyusunan skenario penggulingan antara lain karena Gus Dur secara konsisten menolak permintaan Amien Rais soal pengangkatan kembali Fuad Bawazier menjadi Menteri Keuangan. Ceritanya, setelah beberapa bulan Gus Dur menjadi presiden, Amien rais meminta kepada Gus Dur jatah menteri keuangan harus dari PAN, dan orangnya harus Fuad Bawazir. Namun, Gus Dur secara tegas menolak usulan itu. Setelah bernegosiasi panjang, akhirnya Gus Dur menerima usulan tersebut, dan menghasilkan keputusan, orangnya boleh dari PAN, namun bukan Fuad Bawazir. Gus Dur menentukan pilihannya sendiri, yaitu Bambang sudibyo. Atas keputusan itu, Amien Rais mulai menggalang dukungan dan bahkan merasa menyesal telah mencalonkan Gus Dur menjadi presiden.
Selain kasus Buloggate dan Bruneigate, alasan para pembuatan skenario pelengseran Gus Dur yang dijelaskan dalam buku Menjerat Gus Dur juga karena keputusan Gus Dur yang dianggap kontroversial. Di antaranya keputusan Gus Dur membubarkan dua departemen, yakni Departemen Penerangan (Deppen) dan Departemen Sosial (Depsos) dan rencana pencabutan TAP MPRS. Ada juga kasus yang menjadi alasan, yaitu reshuffle Laksamana Sukardi dan Jusuf Kalla. Gus Dur memecat Jusuf Kalla, Menteri Perdagangan dan Perindustrian (politisi Golkar), karena tuduhan KKN dan memecat Laksamada Sukardi (politisi PDIP) karena tidak mampu bekerja dengan anggota timmya. Gus Dur juga tidak senang dengan pejabat-pejabat yang diangkat oleh Sukardi.
Dengan berbagai akumulasi kejadian yang dijadikan alasan dan perlawanan yang didapatkan, Gus Dur dipaksa harus menyerah. Sayangnya, Gus Dur tak menyerah. Ia justru membuat dekrit sebagai upaya perlawanan terakhirnya—yang sebenarnya sudah jelas akan kalah. Poin dekrit kontroversi adalah pembubaran parlemen. Pembaca dekrit tersebut, Yahya Staquf, meyakini bahwa poin pembubaran parlemen merupakan ide Gus Dur sendiri. Teman-teman Gus Dur di Forum Demokrasi yang dituduh sebagai pembisik menolak poin tersebut. Pada akhirnya, Gus Dur pun dilengserkan oleh MPR pada 23 juli 2001.