Umumnya, santri belajar di pondok dengan tujuan mendalami materi agama serta kekayaan tradisi Islam. Santri belajar agama dengan kiai yang menguasai berbagai bidang ilmu, seperti nahwu shorof, balaghoh, bahasa Arab, tarkib kalimat, teologi, akhlak, dan tidak lengkap jika tidak ada aspek tasawuf. Sosok kiai yang menjadi tempat santri berguru juga mampu berbicara fasih setiap keilmuan dengan referensi berskala internasional bahkan mendunia, seperti kitab Fathul Mu’in yang ditulis oleh syaikh Zinudin al Malibari dari India.
Sebaran pesantren sebagai pusat santri belajar agama di Indonesia yang demikian banyak dan luas, mulai dari ujung Sabang sampai Merauke, memunculkan karakter khas pesantren masing-masing. Ada khas penerbitan, percetakan, usaha, bisnis, kedalaman ilmu alat, pencak silat, dan masih banyak varian karakter pesantren di belahan Indonesia. Mulai dari Jawa Timur, Jawa Tengah, Jawa Barat, Nusa Tengara Barat, Kalimantan, tak terkecuali Pondok Pesantren Nur Yasin di Madura.
Kegiatan mengaji dan memperdalam ilmu agama memang menjadi ciri utama pesantren. Umumnya, pendalaman kitab menjadi kebanggaan tersendiri dengan ikut terlibat aktif dalam halaqoh seperti Bahsul Masa’il al Diniyah. Kondisi semacam ini sudah banyak diketahui di berbagai pesantren, terlebih pesantren di Jawa Timur. Di sisi lain, ada pula pesantren yang juga terjun di bidang usaha seperti Pesantren Sidogiri Pasuruan yang menekuni bidang usaha air minum, Pesantren Nurul Iman Bogor dengan usaha perikanan, Pesantren Al Ittifaq dengan agribisnisnya, Pesantren Riyadlul Jannah dengan rumah makannya, dan masih banyak lagi pesantren yang terjun di bidang usaha demi kematangan dan kemandirian ekonomi.