Maluku Utara memiliki jejak sejarah yang melimpah. Selain rute jalur rempah yang menunjukkan kosmopolitannya bangsa Nusatara, jejak sejarah Maluku juga merekam perjalanan peradaban Isam di Nusantara. Jejak-jejak ini terlihat dalam keberadaan kesultanan Isam di Maluku, terutama Kesultanan Ternate dan Kesultanan Tidore.
Kesultanan Ternate didirikan oleh Baab Mashur Malamo yang berkuasa pada 1257-1272. Dulunya bernama Kerajaan Gaapi dan belum bercorak Islam. Kerajaan Ternate baru bercorak Islam di era pemerintahan Raja Marhum (1465-1486). Setelah menjadi kerajaan Islam, barulah berubah menjadi kesultanan.
Pada era kejayaannya, cakupan wilayah Kesultanan Ternate ini meliputi Sulawesi, bagian selatan Filipina, Papua, hingga ke Kepulauan di Pasifik. Sampai dengan abad ke-17, Kesultanan Ternate menguasai wilayah Indonesia bagian timur dan menjadi kesultanan terbesar di sana.
Penemuan jalur rempah Ternate mulai marak ketika seorang petualang dari Italia bernama Ludovico di Verthema menemukan Ternate pada tahun 1506. Saat Ludovico menemukan Ternate, kesultanan dipimpin oleh Sultan Bayanullah yang berkuasa tahun 1500-1521.
Sejak ditemukannya jalur ke Ternate, banyak pedagang Eropa yang melakukan ekspedisi ke Ternate untuk mencari rempah-rempah. Enam tahun sejak Ludovico menemukan menemukan Ternate, tepatnya pada 1512, barulah bangsa Portugis masuk Ternate di bawah pimpinan Fransisco Serrao.
