Ditegaskan, peningkatan jumlah pesantren di lingkungan Muhammadiyah ini menjadi tantangan tersendiri bagi organisasi yang didirikan oleh KH Ahmad Dahlan ini. Dengan makin banyaknya pesantren di lingkungan Muhammadiyah, diharapkan santri-santri Muhammadiyah bisa tampil sebagai ulama moderat sekaligus tokoh nasional dengan keilmuan mumpuni.
“Di era Kiai Dahlan, jelas sangat menonjol bagaimana keulamaan Kiai Dahlan dan institusi Muhammadiyah telah menjadi tonggak baru, menjadi ma’alimah fi thariq atau semacam breakthrough, titik lompat dari umat Islam yang saat itu kondisi dan profile kolektif-sosiologisnya melambangkan ketertinggalan,” ucap Haedar.
Karena itu, ia juga berharap pesantren-pesantren di lingkungan Muhammadiyah mampu membuat terobosan sehingga mampu bersaing di masa depan yang sama sekali berbeda. “Ini penting dan inilah yang menjadi pertanyaan sekarang; apakah lembaga pendidikan, pondok pesantren Muhammadiyah, di mana dasar-dasar ilmu agama dipelajari secara mendalam,” ujarnya.
Dalam 20, 30, atau 50 tahun ke depan, Haedar memprediksi pesantren Muhammadiyah akan mampu memproduksi elite-elite muslim modernis Muhammadiyah yang bisa hidup di tengah zaman baru dan berdialog dengan realitas zaman itu.