Awal sistem pendidikan di Pesantren Annuqayah adalah sistem tradisional, model sorogan, pengajian kitab secara langsung di depan guru (pengasuh) yang hingga saat ini sebagian sistem kuno ini masih dipertahankan. Termasuk pengajian Kitab Mandhumah Annuqayah ini juga menggunakan sistem face to face model.
Dalam pengajian kitab Mandhumah Annuqayah kali ini, Kiai Faizi yang juga sastrawan, penyair muda yang sudah malang melintang di dunia sastra dan kepenulisan ini membahas masalah yang terkait dengan ilmu faraid. Ini merupakan disiplin ilmu yang menjelaskan tentang pembagian warisan.
Amien semoga bida gabung juga
Terbuka untuk semua alumni dan simpatisan, Ustaz. Semoga dapat bergabung di aktu yang akan datang. Aaminn!