Dengan demikian, Islam, seperti halnya Hindu dan Budha, bukan asli agama dari bumi Nusantara. Namun, keberadaan pondok, surau, atau langgar adalah bukti bahwa Islam telah lama hadir di Nusantara. Kelembagaan pesantren tidak berbasis pendidikan formal seperti yang sekarang kita ketahui, akan tetapi lebih merupakan sistem pendidikan informal, yakni sistem yang dibentuk oleh pemimpin/sunan /ajengan/kiai secara terpusat (khusus). Tidak heran corak pesantren begitu banyak dengan kekhasan sendiri-sendiri.
Dalam perkembangannya, pesantren menjadi corak keberislaman muslim di negeri ini. Salah satu corak Islam di Nusantara adalah berbedanya menyikapi nilai-nilai Islam yang berasal dari jazirah Arab dengan mengkonstruksikan nilai-nilai Islam yang bersumber dari al-Quran dan Hadits, kemudian disesuaikan dengan kultur, budaya, serta historis daerah masing-masing.
Sebelum Islam datang ke Nusantara, sudah kerajaan-kerajaan besar dan kuat yang mengatur segala aspek kehidupan orang-orang di wilayahnya. Salah satu bentuknya adalah hierarkhi kelas antara kaum gusti (orang yang di dalam kerajaan) dan kaum kawula (orang yang di luar kerajaan). Terbentuknya corak pemerintahan seperti ini dimaksudkan untuk mensejahterakan orang-orang yang di bawah pimpinan sang raja (sultan).
Secara umum, seorang raja mempunyai kapabilitas menjadi eksekutif, yudikatif, dan legislatif. Tiga jenis kekuasaan pada teori trias politica ini meliputi kekuasaan (pelaksana undang-undang), kekuasaan legislatif (pembuat undang-undang), dan kekuasaan yudikatif atau kekuasaan kehakiman (pengawas pelaksanaan undang-undang).