Pesantren menjadi lembaga tertua di bumi Nusantara sebelum sistem lembaga pendidikan yang lain ada. Ini, secara sosio-historis, majelis ilmu sudah termanifestasikan dengan adanya pondok dan surau-surau di berbagai penjuru Nusantara.
Proses islamisasi di Nusantara secara historis menjadi proses awal yang tidak boleh terhapus oleh zaman. Nilai-nilai Islam yang dibawa para intelektual dari negeri seberang menorehkan kejayaan di bumi Nusantara ini. Ini menjadi proses yang lama dan penuh rintangan dari penduduk asli Nusantara dalam menerima islamisasi.
Menurut teori, penyebaran Islam di Nusantara berlangsung dari empat sumber: penyebaran datang dari Arab, dari China, Eropa, dan dari Hindia. Secara garis besar memang belum bisa terindentifikasi kejelasan dari empat negeri itu. Akan tetapi, perbedaan ini tidaklah mengapa, yang terpenting Islam telah menyebar di Nusantara.
Prof KH Agus Sunyoto, penulis buku Atlas Wali Songo, pernah berkata dalam satu ceramahnya, bahwa Nusantara ini awalnya mempunyai agama yang tumbuh subur dari manusia asli pribumi itu sendiri, yakni agama “kapitayan”, agama yang mempercayai segala hal yang mempunyai kekuatan (energi mistis) dari Tuhan. Kita sering mendengarnya dengan istilah animisme dan dinamisme, mempercayai pada roh-roh leluhur atau tempat dan benda keramat.