Gus Dur pernah menyinggun bahwa yang terpenting adalah kemanusiaan. Hal ini diperkuat dengan asumsi bahwa, jika ada haq al adami yang belum terpenuhi, maka sampai di akhirat pun tetap menjadi sebuah tanggung jawab yang harus dipenuhi.
Hal ini menunjukkan bahwa pesantren adalah ruang pendidikan yang multidimensional. Ia menempatkan kemanusiaan di atas segala kepentingan. Sebagai lembaga yang memiliki makna keaslian keindonesiaan (indigenous), meminjam istilah Cak Nur, pendidikan pesantren adalah pendidikan yang tidak terjajah, memiliki kemerdekaannya sendiri, dengan tujuan untuk masa depan bangsa yang lebih berkepribadian (Nurkholis Majid, 1997: 2). Dengan demikian, pesantren memiliki kepekaan dan keberpihakan terhadap perkembangan kehidupan masyarakat.
Era modern menempatkan pesantren pada ruang kedua setelah lembaga pendidikan formal dengan segala keunggulan yang ditonjolkan. Tidak jarang pendidikan formal menempatkan diri pada ajang kompetitif administratif. Tentu tidak bisa disangkal, di samping mutu yang sudah ditentukan, juga peran tenaga administrasi dan tenaga pendidik saling bertaut-kaitan.
Pendidikan pesantren di era modern justu menemukan kembali fondasi awal berdirinya pesantren sebagai lembaga pendidikan yang menyiapkan sumber daya manusia yang peka dan memiliki keberpihakan. Peka terhadapan perkembangan dan keberpihakan terhadap siapa pun yang membutuhkan uluran tangan. Jiwa kepemimpinan dan relevansi atas perkembangan zaman tentu tidak meninggalkan kepesantrenannya. Walaupun demikian, bukan berarti citra pesantren dapat begitu saja ditampakkan.