Oleh sebab itu, pendidikan pesantren tidak bisa kemudian diartikan sebagai pendidikan tradisional semata, melainkan, meminjam istilah Manna al Qattan, bahwa pendidikan pesantren adalah pendidikan yang masholih likulli zaman wa makan. Pendidikan yang dapat menemui fleksibilitas dan insklusivitasnya. Apalagi di zaman milenium ini, di mana pesantren turut serta dalam perkembangan dan kemajuan sains tanpa meninggalkan ruh kearifan pesantren itu sendiri. Bagaimana mungkin, pesantren hanya dipandang sebagai satu lembaga yang mengatur pola hubungan antara manusia dan Tuhan, sedangkan nilai-nilai ajaran agama tidak lepas dari dimensi sosial dan kemanusiaan? Dengan kata lain, sikap tradisionalis atas predikat pesantren dan santri yang dipandang kolot dan terbelakang sangatlah salah.
Corak inklusivitas pesantren perlu menjadi sorotan, khususnya perkembangan dan kemajuan bangsa kita yang tidak lepas dari peran pesantren. Karena pesantren bukan semata lembaga pendidikan, melainkan lembaga sosial kemanusiaan. Ragam kebudayaan dan pola pikir sosial menjadi bagian penting pesantren dalam gerak sosialnya. Sehingga pandangan Gus Dur tentang pemisahan antara agama dan negara adalah satu gerak sosial yang lahir atas pemikiran pesantren. Di mana hubungan sosial kemanusiaan diatur dalam dinamika ajaran agama. Dasar inilah yang kemudian menjadi pijakan penulis bahwa pernyataan tradisionalis tentang pesantren amatlah sangat kurang tepat.
Di mana pesantren yang hanya dipandang sebagai ruang tradisional, namun substansi ajaran pesantren diam-diam menjadi bagian penting dalam dinamika dan dialektika berbangsa dan bernegara. Hal inilah yang perlu digarisbawahi dan menjadi satu pandangan inklusif atas pergerakan pesantren dan perubahan sosial. Karena, tidak mungkin kemajuan berangkat tanpa adanya gerak tradisional dan dialektika sosial keberagaman, pun keberagamaan.